1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...attgctccctccacatctgttaatttctcaatttttatggactgtaacaaatcctttaaatttaagttttttttttttttttttaatttcgcttttgcagAAATTGGATTTCAAGTTTCCACTGTCGGTATCATGCATCCACTTTATCTGCTCAGCCATTGGAGGATATGTGGTGATTAAGGTGCTGAAGCTTAAACCAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G03210.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTGGGCTTTCAATGTCACTGTCATTATCATCAACAAGTGGATCTTCCAG AAATTGGATTTCAAGTTTCCACTGTCGEST: gi|193576764|gb|FK537961.1|FK537961
genomic: GGTGGGCTTTCAATGTCACTGTCATTATCATCAACAAGTGGATCTTCCAGgtttctcttt ... gcttttgcagAAATTGGATTTCAAGTTTCCACTGTCG
EST: GGTGGGCTTTCAATGTCACTGTCATTATCATCAACAAGTGGATCTTCCAG AAATTGGATTTCAAGTTTCCACTGTCGGTATCATGCATCCACTTTATCTGC
genomic: GGTGGGCTTTCAATGTCACTGTCATTATCATCAACAAGTGGATCTTCCAGgtttctcttt ... gcttttgcagAAATTGGATTTCAAGTTTCCACTGTCGGTATCATGCATCCACTTTATCTGC
aacaaatcctttaaatttaagttttttttttttttttttaatttcgcttttgcagAAATTGGATTTCAAGTTTCCACTGTCGGTATCATGCATCCACTTTATCTGCTCAGCCATTGGAGGATATGTGGTGATTAAGGTGCTGAAGCTTAAACCAC
ttttaat putative branch site (score: 3)
tttttttttttttttt CT-rich tract
atcctttaaatttaag TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attgctccctccacatctgttaatttctcaatttttatggactgtaacaaatcctttaaatttaagttttttttttttttttttaatttcgcttttgcagAAATTGGATTTCAAGTTTCCACTGTCGGTATCATGCATCCACTTTATCTGCTCAGCCATTGGAGGATATGTGGTGATTAAGGTGCTGAAGCTTAAACCAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - ctccctc
- - - - - - -catctgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gactgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaatcc