1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtacggttcccccatcaattaattaagtccttcttagataaatttctccatgaacacttacagaaaaagaaaataaggtcaaatgagtcgaacttcttacgtaagctcaattcttcttctataagtatttatggcaaagtagtttatcataacaatatctaaaaatgacatggttttataattgtgtcgacagATGGATAAGGCTTCTATAATTGGAGACGCAGCATCATATGTGCATGACCTTCAAGCTCGAGCTAGGAAGCTGAAGGCTGAGGTTGCAGGACTTGAAGCAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G30240.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAAGGAGAAGCTTTATGCATTGCGTTCTTTGGTTCCCAACATAACTAAG ATGGATAAGGCTTCTATAATTGGAGACGCAGCATCATATGTGCATGACCTTEST: gi|254315073|gb|GR830066.1|GR830066
genomic: TGAAGGAGAAGCTTTATGCATTGCGTTCTTTGGTTCCCAACATAACTAAGgtacggttcc ... gtgtcgacagATGGATAAGGCTTCTATAATTGGAGACGCAGCATCATATGTGCATGACCTT
EST: TGAA-GAGAAGCTTTATGCATTGCGTTCTTTGGTTCCCAACATAACTAAG ATGGATAAGGCTTCTATAATTGGAGACGCAGCATCATATGTGCATGACCTT
genomic: TGAAGGAGAAGCTTTATGCATTGCGTTCTTTGGTTCCCAACATAACTAAGgtacggttcc ... gtgtcgacagATGGATAAGGCTTCTATAATTGGAGACGCAGCATCATATGTGCATGACCTT
gtagtttatcataacaatatctaaaaatgacatggttttataattgtgtcgacagATGGATAAGGCTTCTATAATTGGAGACGCAGCATCATATGTGCATGACCTTCAAGCTCGAGCTAGGAAGCTGAAGGCTGAGGTTGCAGGACTTGAAGCAT
ttatcataacaatatc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacggttcccccatcaattaattaagtccttcttagataaatttctccatgaacacttacagaaaaagaaaataaggtcaaatgagtcgaacttcttacgtaagctcaattcttcttctataagtatttatggcaaagtagtttatcataacaatatctaaaaatgacatggttttataattgtgtcgacagATGGATAAGGCTTCTATAATTGGAGACGCAGCATCATATGTGCATGACCTTCAAGCTCGAGCTAGGAAGCTGAAGGCTGAGGTTGCAGGACTTGAAGCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC