1 5' 3' |
...aatgagggtagctggtatttcactgtaatcttgaatggttcaacgtgaaaccaaacatgcactcgatttacactcaataatgaattgaaattttttgaagGCTAGAGATATGGGGAGCAAGGGACCAAGTTGGTCTGACCAATGGGGAAGTGGAGGGTTTGGCAGTGATCACTATGAGGAGGAGGAGAAGATGAAGATGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G10500.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTGCCTTCAAATCGCCATTTCTTCCTTTCTCACCAACCAATTACAAAG GCTAGAGATATGGGGAGCAAGGGACCAAGTTGGTCTGACCAATGGGGAAGTEST: gi|192319975|gb|FK012995.1|FK012995
genomic: TCTGCCTTCAAATCGCCATTTCTTCCTTTCTCACCAACCAATTACAAAGgtactctctc ... ttttttgaagGCTAGAGATATGGGGAGCAAGGGACCAAGTTGGTCTGACCAATGGGGAAGT
EST: TTCTGCCTTCAAATCGCCATTTCTTCCTTTCTCACCAACCAATTACAAAG GCTAGAGATATGGGGAGCAAGGGACCAAGTTGGTCTGACCAATGGGGAAGTEST: gi|15813114|gb|BI785389.1|BI785389
genomic: TTCTGCCTTCAAATCGCCATTTCTTCCTTTCTCACCAACCAATTACAAAGgtactctctc ... ttttttgaagGCTAGAGATATGGGGAGCAAGGGACCAAGTTGGTCTGACCAATGGGGAAGT
EST: TTCTGCCTTCAAATCGCCATTTCTTCCTTTCTCACCAACCAATTACAAAG GCTAGAGATATGGGGAGCAAGGGACCAAGTTGGTCTGACCAATGGGGAAGTEST: gi|254326754|gb|GR836363.1|GR836363
genomic: TTCTGCCTTCAAATCGCCATTTCTTCCTTTCTCACCAACCAATTACAAAGgtactctctc ... ttttttgaagGCTAGAGATATGGGGAGCAAGGGACCAAGTTGGTCTGACCAATGGGGAAGT
EST: CTGCCTTCAAATCGCCATTTCTTCCTTTCTCACCAACCAATTACAAAG GCTAGAGATATGGGGAGCAAGGGACCAAGTTGGTCTGACCAATGGGGAAGT
genomic: CTGCCTTCAAATCGCCATTTCTTCCTTTCTCACCAACCAATTACAAAGgtactctctc ... ttttttgaagGCTAGAGATATGGGGAGCAAGGGACCAAGTTGGTCTGACCAATGGGGAAGT
tgaaaccaaacatgcactcgatttacactcaataatgaattgaaattttttgaagGCTAGAGATATGGGGAGCAAGGGACCAAGTTGGTCTGACCAATGGGGAAGTGGAGGGTTTGGCAGTGATCACTATGAGGAGGAGGAGAAGATGAAGATGA
tttttt CT-rich tract
aataatgaattgaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatgagggtagctggtatttcactgtaatcttgaatggttcaacgtgaaaccaaacatgcactcgatttacactcaataatgaattgaaattttttgaagGCTAGAGATATGGGGAGCAAGGGACCAAGTTGGTCTGACCAATGGGGAAGTGGAGGGTTTGGCAGTGATCACTATGAGGAGGAGGAGAAGATGAAGATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - -gtagctg
- - - - - - - - - - cactgta
- - - - - - - - - - - - - - - -tgaatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcactc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cactcaa