1 5' 3' | 2 5' 3' |
...gggtgaaattttgtctttaaggaatgttaagtaatgactaatgaatcaatattcagtacctcttttttgtatctaaaatgaaaattatggtcttttgcagATTTTCAGCTCAAAAGAGGAAGGAAAGGATAATTCTCAACAGAAATCAAAGGGTGATCAAGCCAAGGAATTGCTAGCAAAATATGGTGGAGCATACTTAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G09850.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAAGTTACAAAGAAGTATGGCCTTGAAGCTGGTCTTTGGCAG ATTTTCAGCTCAAAAGAGGAAGGAAAGGATAATTCTCAACAGAAATCAAAGEST: gi|22933739|gb|BU550878.1|BU550878
genomic: GGAAGTTACAAAGAAGTATGGCCTTGAAGCTGGTCTTTGGCAGgtgcccattt ... tcttttgcagATTTTCAGCTCAAAAGAGGAAGGAAAGGATAATTCTCAACAGAAATCAAAG
EST: CACCTGAGGAAGTTACAAAGAAGTATGGCCTTGAAGCTGGTCTTTGGCAG ATTTTCAGCTCAAAAGAGGAAGGAAAGGATAATTCTCAACAGAAATCAAAGEST: gi|16106290|gb|BI894030.1|BI894030
genomic: CACCTGAGGAAGTTACAAAGAAGTATGGCCTTGAAGCTGGTCTTTGGCAGgtgcccattt ... tcttttgcagATTTTCAGCTCAAAAGAGGAAGGAAAGGATAATTCTCAACAGAAATCAAAG
EST: CACCTGAGGAAGTTACAAAGAAGTATGGCCTTGAAGCTGGTCTTTGGCAG ATTTTCAGCTCAAAAGAGGAAGGAAAGGATAATTCTCAACAGAAATCAAAGEST: gi|42723090|gb|CK768989.1|CK768989
genomic: CACCTGAGGAAGTTACAAAGAAGTATGGCCTTGAAGCTGGTCTTTGGCAGgtgcccattt ... tcttttgcagATTTTCAGCTCAAAAGAGGAAGGAAAGGATAATTCTCAACAGAAATCAAAG
EST: CACCTGAGGAAGTTACAAAGAAGTATGGCCTTGAAGCTGGTCTTTGGCAG ATTTTCAGCTCAAAAGAGGAAGGAAAGGATAATTCTCAACAGAAATCAAAG
genomic: CACCTGAGGAAGTTACAAAGAAGTATGGCCTTGAAGCTGGTCTTTGGCAGgtgcccattt ... tcttttgcagATTTTCAGCTCAAAAGAGGAAGGAAAGGATAATTCTCAACAGAAATCAAAG
tcaatattcagtacctcttttttgtatctaaaatgaaaattatggtcttttgcagATTTTCAGCTCAAAAGAGGAAGGAAAGGATAATTCTCAACAGAAATCAAAGGGTGATCAAGCCAAGGAATTGCTAGCAAAATATGGTGGAGCATACTTAG
atctaaa putative branch site (score: 3)
tcttttgc putative PPT
tcttttttgtatctaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gggtgaaattttgtctttaaggaatgttaagtaatgactaatgaatcaatattcagtacctcttttttgtatctaaaatgaaaattatggtcttttgcagATTTTCAGCTCAAAAGAGGAAGGAAAGGATAATTCTCAACAGAAATCAAAGGGTGATCAAGCCAAGGAATTGCTAGCAAAATATGGTGGAGCATACTTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
gggtgaa
- - - - - - - - - - ggaatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaatgaaa