Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aatttgttgagtgcttttattggttatggggaaatgaaatgggagcgttggttctgaattagttgctaaaatttatgatgttttttctttgtgtgtgtagATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTGTGGTGTTTCCAGAAGCCTTTGTGGGTGGCTACCCGCGTGGTTCAGCTTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G09750.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192324936|gb|FK016107.1|FK016107
EST:     TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAG                         ATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTGGCTATGGGTCCCAGCTTG
genomic: TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAGgtcctttccc ... gtgtgtgtagATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
EST: gi|21993759|gb|BQ785287.1|BQ785287
EST:     TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAG                         ATAAGGTTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
genomic: TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAGgtcctttccc ... gtgtgtgtagATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
EST: gi|16348435|gb|BI974030.1|BI974030
EST:     TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAG                         ATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
genomic: TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAGgtcctttccc ... gtgtgtgtagATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
EST: gi|192318583|gb|FK008285.1|FK008285
EST:     TACCGTTGTTCAATCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAG                         ATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
genomic: TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAGgtcctttccc ... gtgtgtgtagATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
EST: gi|9986801|gb|BE660909.1|BE660909
EST:     TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAG                         ATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
genomic: TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAGgtcctttccc ... gtgtgtgtagATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
EST: gi|192294787|gb|FG987476.1|FG987476
EST:     TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAG                         ATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
genomic: TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAGgtcctttccc ... gtgtgtgtagATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
EST: gi|21889516|gb|BQ742729.1|BQ742729
EST:     TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAG                         ATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
genomic: TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAGgtcctttccc ... gtgtgtgtagATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
EST: gi|192318582|gb|FK008284.1|FK008284
EST:     TACCGTTGTTCAATCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAG                         ATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG
genomic: TACCGTTGTTCAAGCCTCCACCATCTTCTACGACACACCAGCCACCTTAGgtcctttccc ... gtgtgtgtagATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgttggttctgaattagttgctaaaatttatgatgttttttctttgtgtgtgtagATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTGTGGTGTTTCCAGAAGCCTTTGTGGGTGGCTACCCGCGTGGTTCAGCTTT
                  tgctaaa  putative branch site (score: 2)
                                 tgttttttctttgt  putative PPT
                     taaaatttatgatgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aatttgttgagtgcttttattggttatggggaaatgaaatgggagcgttggttctgaattagttgctaaaatttatgatgttttttctttgtgtgtgtagATAAGGCTGAGAGGTTGTTGGCTGAAGCTACTAGCTATGGGTCCCAGCTTGTGGTGTTTCCAGAAGCCTTTGTGGGTGGCTACCCGCGTGGTTCAGCTTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - -tgagtgc
- - - - - - - - - - - - tatgggg
- - - - - - - - - - - - - - - -aaatgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gggagcg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgcta