Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gataatgctattctgttgcttgacagcctactgagattccttatgtcatgtatatatataaaatattaaaaattcaaactgatattgacatctatcgcagGAAAGGGAGCGACAGTTCGAAATTGATATCAGAAGGGCAAAAGGTTATGAAGTCAAAAAAATGATGGAGGATGGAAATTGTCTATTCCGAGCTGTTGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G09700.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192324229|gb|FK017960.1|FK017960
EST:     ACGGTGCTGATGAACAGAAGCCTTGCCTGGTTTCATCTTATGATGATTTT                         GAAAGGGAGCGACAGTTCGAAATTGATATCAGAAGGGCAAAAGGTTATGAA
genomic: ACAGTGCTGATGAACAGAAGCCTTGCCTGGTTTCATCTTATGATGATTTTgtaagttgat ... tctatcgcagGAAAGGGAGCGACAGTTCGAAATTGATATCAGAAGGGCAAAAGGTTATGAA
EST: gi|254325739|gb|GR838620.1|GR838620
EST:     ACAGTGCTGATGAACAGAAGCCTTGCCTGGTTTCATCTTATGATGATTTT                         GAAAGGGAGCGACAGTTCGAAATTGATATCAGAAGGGCAAAAGGTTATGAA
genomic: ACAGTGCTGATGAACAGAAGCCTTGCCTGGTTTCATCTTATGATGATTTTgtaagttgat ... tctatcgcagGAAAGGGAGCGACAGTTCGAAATTGATATCAGAAGGGCAAAAGGTTATGAA
EST: gi|193566119|gb|FK523712.1|FK523712
EST:     ACAGTGCTGATGAACAGAAGCCTTGCCTGGTTTCATCTTATGATGATTTT                         GAAAGGGAGCGACAGTTCGAAATTGATATCAGAAGGGCAAAAGGTTATG
genomic: ACAGTGCTGATGAACAGAAGCCTTGCCTGGTTTCATCTTATGATGATTTTgtaagttgat ... tctatcgcagGAAAGGGAGCGACAGTTCGAAATTGATATCAGAAGGGCAAAAGGTTATG
EST: gi|208331415|gb|GE128992.1|GE128992
EST:     ACAGTGCTGATGAACAGAAGCCTTGCCTGGTTTCATCTTATGATGATTTT                         GAAAGGGAGCGACAGTTCGAAATTGATATCAGAAGGGCAAAAGGTTATGAA
genomic: ACAGTGCTGATGAACAGAAGCCTTGCCTGGTTTCATCTTATGATGATTTTgtaagttgat ... tctatcgcagGAAAGGGAGCGACAGTTCGAAATTGATATCAGAAGGGCAAAAGGTTATGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatgtatatatataaaatattaaaaattcaaactgatattgacatctatcgcagGAAAGGGAGCGACAGTTCGAAATTGATATCAGAAGGGCAAAAGGTTATGAAGTCAAAAAAATGATGGAGGATGGAAATTGTCTATTCCGAGCTGTTGCAG
                                     tattgac  putative branch site (score: 2)
     tatatatataaaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gataatgctattctgttgcttgacagcctactgagattccttatgtcatgtatatatataaaatattaaaaattcaaactgatattgacatctatcgcagGAAAGGGAGCGACAGTTCGAAATTGATATCAGAAGGGCAAAAGGTTATGAAGTCAAAAAAATGATGGAGGATGGAAATTGTCTATTCCGAGCTGTTGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- -aatgcta
- - - - - - ctgttgc
- - - - - - - - - - - - - cctactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcaaact