1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtaaatctcactgcatgttttggatctttgaattttactctcaattaagtgtcattgctttttgaattttcaattggagttgactgtttgactttttttgttgcattgcaatgcagAGACGCTATAGTGACATGGATTAAGAAGAAGATAGGGCCTGGTGTGTCCAACATAACTACGGTGGATGATGCTGAACGCATATTGACAGCTGAAAGCAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G07260.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCTTCTTCGTCGATGGGGTCCACAAGCCCTACACTGGCCAGAGAACCAA AGACGCTATAGTGACATGGATTAAGAAGAAGATAGGGCCTGGTGTGTCCAAEST: gi|42722722|gb|CK768621.1|CK768621
genomic: TTCTTCTTCGTCGATGGGGTCCACAAGCCCTACACTGGCCAGAGAACCAAgtaaatctca ... tgcaatgcagAGACGCTATAGTGACATGGATTAAGAAGAAGATAGGGCCTGGTGTGTCCAA
EST: TTCTTCTTCGTCGATGGGGTCCACAAGCCCTACACTGGCCAGAGAACCAA AGACGCTATAGTGACATGGATTAAGAAGAAGATAGGGCCTGGTGTGTCCAA
genomic: TTCTTCTTCGTCGATGGGGTCCACAAGCCCTACACTGGCCAGAGAACCAAgtaaatctca ... tgcaatgcagAGACGCTATAGTGACATGGATTAAGAAGAAGATAGGGCCTGGTGTGTCCAA
ttgaattttcaattggagttgactgtttgactttttttgttgcattgcaatgcagAGACGCTATAGTGACATGGATTAAGAAGAAGATAGGGCCTGGTGTGTCCAACATAACTACGGTGGATGATGCTGAACGCATATTGACAGCTGAAAGCAAA
gtttgac putative branch site (score: 4)
tttttttgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaatctcactgcatgttttggatctttgaattttactctcaattaagtgtcattgctttttgaattttcaattggagttgactgtttgactttttttgttgcattgcaatgcagAGACGCTATAGTGACATGGATTAAGAAGAAGATAGGGCCTGGTGTGTCCAACATAACTACGGTGGATGATGCTGAACGCATATTGACAGCTGAAAGCAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA