Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggttttaagaacatattcccttccatattctattaatgttcttttgttccatttcatagagtatccaatattataggcttctctgtttttatgttatggttttcttatgcttttgttggaatcatgtttatgttatgtccttaacatgtcagGTGGCCCAAGTGCTGCTTACGTTGCCATATTCATTTTCCCAGCTGGGAATGCTTTCTGGCATACTTTTCCAACTCTTCTATGGTTTACTGGGAAGTTGGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G03490.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G03490.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv03s0038g02140.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gttggttttaagaacatattcccttccatattctattaatgttcttttgttccatttcatagagtatccaatattataggcttctctgtttttatgttatggttttcttatgcttttgttggaatcatgtttatgttatgtccttaacatgtcagGTGGCCCAAGTGCTGCTTACGTTGCCATATTCATTTTCCCAGCTGGGAATGCTTTCTGGCATACTTTTCCAACTCTTCTATGGTTTACTGGGAAGTTGGA
                                                      | |||    | |   ||| || ||   || |  |||   |    |||           |||| ||    | |   || || ||  ||        | ||||||||| || || ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| || |||||||| ||  ||||||| ||||
-----------------------------------------------------gtctcaccatgaa--aaattttgta---ttttgagttgagaaaaaatgaaaaaaaggaactttagtc---acccacttcat-ttgggtttggtttgtttcagGTGGCTCAGGTTCTGCTGACTTTGCCATACTCATTTTCCCAGCTGGGGATGCTGTCTGGGATTCTATTCCAGCTGTTCTATGGCTTGATGGGAAGCTGGA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggttttcttatgcttttgttggaatcatgtttatgttatgtccttaacatgtcagGTGGCCCAAGTGCTGCTTACGTTGCCATATTCATTTTCCCAGCTGGGAATGCTTTCTGGCATACTTTTCCAACTCTTCTATGGTTTACTGGGAAGTTGGA
                                         ccttaac  putative branch site (score: 3)
                             tttatgttat  TA-rich tract