Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ataaagcttaatgttcatttgcattttttttattcagactctcaaaagaaagtaataatcaatatggtgacttagcaaatttggttattctttcatgcagGGCTGTTAAGGTGTGGCAAAAGTTGCAGGCTCAGGTGGACAAATTATCTGAGGCCAGACTTGAAGAGAGGCCTTCTATCAGAATATGAAGAGAAAATGGT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G33620.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA11G33620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv14s0006g00450.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
---ataaagcttaatgttcatttgcattttttttattcagactctcaaaagaaagtaataatcaat-atggtgacttagcaaatttggttattctttcatgcagGGCTGTTAAGGTGTGGCAAAAGTTGCAGGCTCAGGTGGACAAATTATCTGAGGCCAGACTTGAAGAGAGGCCTTCTATCAGAATATGAAGAGAAAATGGT
||| | || || || | | ||| | ||||| | || | || | || | || | | |||| | | |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || | ||||| | ||||||| | |||||
aaccgaaatttcaaagtacaaagaaggagat---aatcaccttttcaaatgcctttatttttctctcataaactaattgcgattatggtgggtatcat-tgcagGACTGTTAAGGTGTGGGAAGAGTTGCAGGCTAAGATGGACAAACTATCTGAGGCCAGACTTGAAAAGAGGTCTGTTGTCAGATTTTGAAGAGCAGATGGT atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.aagaaagtaataatcaatatggtgacttagcaaatttggttattctttcatgcagGGCTGTTAAGGTGTGGCAAAAGTTGCAGGCTCAGGTGGACAAATTATCTGAGGCCAGACTTGAAGAGAGGCCTTCTATCAGAATATGAAGAGAAAATGGT
ttattctttc CT-rich tract
agtaataatcaatat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ataaagcttaatgttcatttgcattttttttattcagactctcaaaagaaagtaataatcaatatggtgacttagcaaatttggttattctttcatgcagGGCTGTTAAGGTGTGGCAAAAGTTGCAGGCTCAGGTGGACAAATTATCTGAGGCCAGACTTGAAGAGAGGCCTTCTATCAGAATATGAAGAGAAAATGGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - -tgcattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtgac