Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattttgatccctaaccttttcttcctttggttcgtgtgttactgggtgtgtcttccttttcgttgtttctcattgcttatatgggttttggtgttagCTTTTCATGGAGCGGGAATCGATGTCAATGTGGGAACTTAGCTTTGTTGTCCCACCTAATCACG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G27870.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G27870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv06s0004g06920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gtaattttgatccctaaccttttcttcctttggttcgtgtgttactgggtgtgtcttccttttcgttgtttctcattgcttatatgggttttggtgttagCTTTTCATGGAGCGGGAATCGATGTCAATGTGGGAACTTAGCTTTGTTGTCCCACCTAATCACG
||| | |    | |||     || |   |||| ||| || |  | || ||   |       ||   | | | | |||| | | ||  |        |||||||   |||||||| ||||||| ||||||||||||| | || |||||||| || ||||| ||||
gtattctcccgctctatatgcttgtctgtttgtttcttgcg--attgagttatttgcatggtttaatttgtttgattgttga-atatg-------attagCTTGCGATGGAGCGTGAATCGACGTCAATGTGGGAATTGAGTTTTGTTGTTCCGCCTAACCACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10709993|gb|BF009717.1|BF009717
EST:     ACGTTTATGGCTCTGTTCCTCTCGTGGGTTCTTGGGATCCTTCCAAAGCT                         CTTTTCATGGAGCGGGAATCGATGTCAATGTGGGAACTTAGCTTTGTTGTC
genomic: ACGTTTATGGCTCTGTTCCTCTCGTGGGTTCTTGGGATCCTTCCAAAGCTgtaattttga ... ttggtgttagCTTTTCATGGAGCGGGAATCGATGTCAATGTGGGAACTTAGCTTTGTTGTC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgggtgtgtcttccttttcgttgtttctcattgcttatatgggttttggtgttagCTTTTCATGGAGCGGGAATCGATGTCAATGTGGGAACTTAGCTTTGTTGTCCCACCTAATCACG
                                  ttatat  TA-rich tract