1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...agcaattgctggtgcctggaaaattgaaagaggtgacgttgtgatacatgggtttattttgccaccctgctgagtggagaattatttggattttgtttagGTGATTGAAGTTTTGTGGTAGAAGGAAGATTGATATGCTGTGGGAAAATGTCGTTGAAAAGCATAGTAAGGGAGCTAAAGGAGATGAGGGATGGGATTGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G07410.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAGCTGATTTGGCTCGATTCGTCTTTTCCTTGTTCAATTCCATTTTTCAG GTGATTGAAGTTTTGTGGTAGAAGGAAGATTGATATGCTGTGGGAAAATGTEST: gi|213604749|gb|DB960500.1|DB960500
genomic: TAGCTGATTTGGCTCGATTCGTCTTTTCCTTGTTCAATTCCATTTTTCAGgtcttggttc ... ttttgtttagGTGATTGAAGTTTTGTGGTAGAAGGAAGATTGATATGCTGTGGGAAAATGT
EST: TAGCTGATTTGGCTCGATTCGTCTTTTCCTTGTTCAATTCCATTTTTCAG GTGATTGAAGTTTTGTGGTAGAAGGAAGATTGATATGCTGTGGGAAAATGTEST: gi|213620380|gb|DB957277.1|DB957277
genomic: TAGCTGATTTGGCTCGATTCGTCTTTTCCTTGTTCAATTCCATTTTTCAGgtcttggttc ... ttttgtttagGTGATTGAAGTTTTGTGGTAGAAGGAAGATTGATATGCTGTGGGAAAATGT
EST: TAGCTGATTTGGCTCGATTCGTCTTTTCCTTGTTCAATTCCATTTTTCAG GTGATTGAAGTTTTGTGGTAGAAGGAAGATTGATATGCTGTGGGAAAATGT
genomic: TAGCTGATTTGGCTCGATTCGTCTTTTCCTTGTTCAATTCCATTTTTCAGgtcttggttc ... ttttgtttagGTGATTGAAGTTTTGTGGTAGAAGGAAGATTGATATGCTGTGGGAAAATGT
acatgggtttattttgccaccctgctgagtggagaattatttggattttgtttagGTGATTGAAGTTTTGTGGTAGAAGGAAGATTGATATGCTGTGGGAAAATGTCGTTGAAAAGCATAGTAAGGGAGCTAAAGGAGATGAGGGATGGGATTGG
ttttgttt CT-rich tract
aattatttggatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agcaattgctggtgcctggaaaattgaaagaggtgacgttgtgatacatgggtttattttgccaccctgctgagtggagaattatttggattttgtttagGTGATTGAAGTTTTGTGGTAGAAGGAAGATTGATATGCTGTGGGAAAATGTCGTTGAAAAGCATAGTAAGGGAGCTAAAGGAGATGAGGGATGGGATTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - ctggtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccctgct