Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attttccacttgggagaatgggatttttgattttgtttattgtgagttgaactttgctttttctagcttgggttgtttgcgatgaattgctttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGGGAATTGACTCTCTGGGGGGTTTCCATCTATCGTTAGATGCCATTTTGGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G04660.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8669961|gb|BE191068.1|BE191068
EST:     TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTTCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCG                         GGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTCTATATGTTCAATCACAG
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
EST: gi|209702115|gb|BW664608.1|BW664608
EST:     TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCG                         GGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
EST: gi|151396522|gb|EV266399.1|EV266399
EST:     TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCG                         GGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
EST: gi|192298940|gb|FG987685.1|FG987685
EST:     TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCG                         GGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
EST: gi|192302588|gb|FG996310.1|FG996310
EST:     TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCG                         GGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
EST: gi|22525033|gb|BU083844.1|BU083844
EST:     TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCG                         GGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
EST: gi|298176579|gb|HO023166.1|HO023166
EST:     TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCG                         GGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
EST: gi|20449579|gb|BQ253703.1|BQ253703
EST:     TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCG                         GGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
EST: gi|21994718|gb|BQ786246.1|BQ786246
EST:     TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCG                         GGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
EST: gi|20812142|gb|BQ296620.1|BQ296620
EST:     TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCG                         GGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG
genomic: TCCCGTTTGGGAAAAGATTGGTGCTGTCGTCAGACTCAGTTATGGCCTCGgtgagtgagt ... tttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgaactttgctttttctagcttgggttgtttgcgatgaattgctttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGGGAATTGACTCTCTGGGGGGTTTCCATCTATCGTTAGATGCCATTTTGGA
                                            ctttgtttc  CT-rich tract
            tttttcta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attttccacttgggagaatgggatttttgattttgtttattgtgagttgaactttgctttttctagcttgggttgtttgcgatgaattgctttgtttcagGGATTTATGGTGCCATGGCAGTTGCGGGGAGTTTTATATGTTCAATCACGGGAATTGACTCTCTGGGGGGTTTCCATCTATCGTTAGATGCCATTTTGGA

- - -ccacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgggttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcgatg