Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggagaaagatttgtgtctctgacatgacaatttatgtgcaaacttttaatattatcctgccctctctcatcttttcttttcttttcttaattttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGTGTCAAATGCTACCGGTTACTCAGCGTCAAAGCATGTTCCTATGTGGGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G00210.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G00210.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT1G21070.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
-------ggagaaagatttgtgtctctgacatgacaatttatgtgcaaacttttaatattatcctgccctctctcatcttttcttttcttttcttaattttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGTGTCAAATGCTACCGGTTACTCAGCGTCAAAGCATGTTCCTATGTGGGA
             |  | | | |||||  |||    |||    |    |   | | |||  |      |  |    |  |||       ||  ||  |  ||| |||| |   |  | || || || ||||||||  | ||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||  ||||| || |||||||||||| | |||||
gtttgttttcctgatctctctatctctcccattttcattgg-atctgcatgatcattatcgtttcattcaattgtgtgattttgggaaattgatttgtgatttgcagCGACAACTCTCACGGGATTTCACTTTGCTCTTACTGCTCTCGTTGGTATGGTGTCGAATGCGACTGGTTTATCAGCATCTAAGCATGTTCCTCTTTGGGA

upper sequence: GLYMA11G00210.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv18s0122g00090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
ggagaaagatttgtgtctctgacatgaca-atttatgtgca-aacttttaatat-tatcctgccctctctcatcttttcttttcttttcttaattttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGTGTCAAATGCTACCGGTTACTCAGCGTCAAAGCATGTTCCTATGTGGGA
         |||| |  || |  ||||   ||| ||   |   | || ||||   |  ||       ||   |||   ||| |  |    || | |||| ||||||   | ||||||||||| || ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| || || || || |||||| |||||||| |||||||
--gttctcttttgaggatcag-tatgatttattcattcacctgatttctaattcctgacccaaatgttcaactctaaacttattatcctgtattctttttcagCCACCACTTTAACTGGGTTTCATTTTGCGGTTACTGCACTGGTTGGTCTGGTGTCAAATGCTACTGGCTATTCTGCATCAAAGTATGTTCCTTTGTGGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213608183|gb|DB972609.1|DB972609
EST:     TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCTAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG                         CCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctct ... ttttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: gi|7686435|gb|AW757083.1|AW757083
EST:     TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTNTG                         CCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctct ... ttttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: gi|254313902|gb|GR831531.1|GR831531
EST:     TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG                         CCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctct ... ttttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: gi|213619665|gb|DB965611.1|DB965611
EST:     TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCTAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG                         CCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctct ... ttttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: gi|213601202|gb|DB964681.1|DB964681
EST:     TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCTAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG                         CCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctct ... ttttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: gi|298178357|gb|HO024092.1|HO024092
EST:     TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG                         CCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctct ... ttttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: gi|298193699|gb|HO040347.1|HO040347
EST:     TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG                         CCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctct ... ttttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: gi|192308012|gb|FG998995.1|FG998995
EST:     TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG                         CCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctct ... ttttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: gi|209717746|gb|BW654034.1|BW654034
EST:     TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCTAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG                         CCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctct ... ttttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: gi|298167872|gb|HO013135.1|HO013135
EST:     TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG                         CCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctct ... ttttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: gi|61241601|gb|DN590994.1|DN590994
EST:     TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG                         CCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctct ... ttttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
EST: gi|193617454|gb|FK568834.1|FK568834
EST:     TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTG                         CCAGTTCCTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG
genomic: TATGGCCAACAAACAGCTTATGTCCAACAATGGCTATGCTTTCAGCTTTGgtcagtctct ... ttttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaatattatcctgccctctctcatcttttcttttcttttcttaattttttccagCCAGTTCGTTAACTGGGTTCCACTTTGCCGTAACTGCTCTCGTTGGTCTGGTGTCAAATGCTACCGGTTACTCAGCGTCAAAGCATGTTCCTATGTGGGA
                                       tcttaat  putative branch site (score: 3)
              ccctctctcatctttt  CT-rich tract
                       atcttttcttttcttt  TA-rich tract