1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ctttttcagttgtttagaggttatatgaattcttcattaagaaatcccaagaaataagaggatcttattttttttttaatcaaacgtcattttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAGATCAAAGACTCCCCCACCACAAAGAACCCAAGGAGTTTGTCTCGTTGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G38940.3 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|254329556|gb|GR839109.1|GR839109
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|120493118|gb|EH221285.1|EH221285
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|6724539|gb|AW308938.1|AW308938
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|9819664|gb|BE555177.1|BE555177
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|13482036|gb|BG511379.1|BG511379
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|15813895|gb|BI786170.1|BI786170
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|14258511|gb|BG881419.1|BG881419
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|8826939|gb|BE210669.1|BE210669
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|254315800|gb|GR825609.1|GR825609
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|213604889|gb|DB960570.1|DB960570
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|13481853|gb|BG511196.1|BG511196
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG G-TCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|6501990|gb|AW203363.1|AW203363
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|192296027|gb|FG989421.1|FG989421
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|298186912|gb|HO034011.1|HO034011
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|192318385|gb|FK006505.1|FK006505
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAGACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|298174446|gb|HO014591.1|HO014591
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|298167016|gb|HO010455.1|HO010455
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|9902326|gb|BE611294.1|BE611294
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|10844547|gb|BF067878.1|BF067878
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|27426192|gb|CA937712.1|CA937712
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|298170925|gb|HO015901.1|HO015901
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|298194017|gb|HO040665.1|HO040665
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|298198070|gb|HO039609.1|HO039609
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|298184067|gb|HO029280.1|HO029280
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGCCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|13312690|gb|BG406341.1|BG406341
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|7283509|gb|AW596116.1|AW596116
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|193396633|gb|FK364543.1|FK364543
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGC-AAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATEST: gi|6455203|gb|AW185886.1|AW185886
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGAT
EST: AAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTTCTACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|4396770|gb|AI495767.1|AI495767
genomic: AAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|4437017|gb|AI522882.1|AI522882
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|207831080|gb|GD801974.1|GD801974
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|120497212|gb|EH225379.1|EH225379
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: TTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|23726129|gb|BU761046.1|BU761046
genomic: TTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAEST: gi|11273900|gb|BF324289.1|BF324289
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
cccaagaaataagaggatcttattttttttttaatcaaacgtcattttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAGATCAAAGACTCCCCCACCACAAAGAACCCAAGGAGTTTGTCTCGTTGG
ttttaat putative branch site (score: 3)
tcattttttc putative PPT
ttattttttttttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctttttcagttgtttagaggttatatgaattcttcattaagaaatcccaagaaataagaggatcttattttttttttaatcaaacgtcattttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAAGATCAAAGACTCCCCCACCACAAAGAACCCAAGGAGTTTGTCTCGTTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG