1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...atttcagatcctctttctcacctgttagttgacctagtctttgattcaatatttgtgataagagaagaacctgctgtgtatattcaattgttgaatgcagGTTTCTAGGTTGGGCTTTGGATGTGGAGGACTATCTGGAATTTATAATGCCCCCCTCTCGCATGAAGAAGGATGTTCAATCATTAAGGAAGTGTTCAATA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G38900.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGCACATATGCAAGTCCCAAGAGTTAAACTGGGTAACCAAGGCTTAGAG GTTTCTAGGTTGGGCTTTGGATGTGGAGGACTATCTGGAATTTATAATGCCEST: gi|298169679|gb|HO021039.1|HO021039
genomic: AGGCACATATGCAAGTCCCAAGAGTTAAACTGGGTAACCAAGGCTTAGAGgtaaaacttg ... ttgaatgcagGTTTCTAGGTTGGGCTTTGGATGTGGAGGACTATCTGGAATTTATAATGCC
EST: AGGCGCATATGCAAGTCCCAAGAGTTAAACTGGGTAACCAAGGCTTAGAG GTTTCTAGGTTGGGCTTTGGATGTAGAGGACTATCTGGAATTTATAATGCCEST: gi|151407405|gb|EV277220.1|EV277220
genomic: AGGCACATATGCAAGTCCCAAGAGTTAAACTGGGTAACCAAGGCTTAGAGgtaaaacttg ... ttgaatgcagGTTTCTAGGTTGGGCTTTGGATGTGGAGGACTATCTGGAATTTATAATGCC
EST: AGGCACATATGCAAGTCCCAAGAGTTAAACTGGGTAACCAAGGCTTAGAG GTTTCTAGGTTGGGCTTTGGATGTGGAGGACTATCTGGAATTTATAATGCC
genomic: AGGCACATATGCAAGTCCCAAGAGTTAAACTGGGTAACCAAGGCTTAGAGgtaaaacttg ... ttgaatgcagGTTTCTAGGTTGGGCTTTGGATGTGGAGGACTATCTGGAATTTATAATGCC
tcaatatttgtgataagagaagaacctgctgtgtatattcaattgttgaatgcagGTTTCTAGGTTGGGCTTTGGATGTGGAGGACTATCTGGAATTTATAATGCCCCCCTCTCGCATGAAGAAGGATGTTCAATCATTAAGGAAGTGTTCAATA
tatattcaattgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atttcagatcctctttctcacctgttagttgacctagtctttgattcaatatttgtgataagagaagaacctgctgtgtatattcaattgttgaatgcagGTTTCTAGGTTGGGCTTTGGATGTGGAGGACTATCTGGAATTTATAATGCCCCCCTCTCGCATGAAGAAGGATGTTCAATCATTAAGGAAGTGTTCAATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - ctcacct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gtctttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaagaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgctgt