Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atcagtcgtcatgcttcaattgctagggttagagcgttgattctgtaatctgtatgttttcattgaatggtttctcatggaataaagggtggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G38350.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G38350.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os03g38960.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
atcagt-cgtcatgcttcaattgctagggttagagcgttgattctgtaatctgtatgttttcattgaatggtttctca-tggaataaagggtggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
|  | |   | ||   | ||   ||     |     ||   ||        ||| |  ||  ||  | || |||   | ||| ||      |     |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||
acaactatatgattgctgaagcactgattgttatatgtcattttaaaggattgttttgttggat--attgattttggaatggcattgtattttcctctgcagGTATGAGGATGAGCCACCAGAACCTGAGATTGAG

upper sequence: GLYMA10G38350.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os07g27930.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
------atcagtcgtcatg-cttcaattgc-tagggttagagcgttgattctgtaatctgtatgttttcattgaatggtttctcatggaataaagggtggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
       | |  | |  || |  | |||   || || |  ||  |   ||  ||| | | ||  |||  ||  | |       | || | |      |  |  | |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||
tttttggttatgcttagtgtcacctattatatatggctgcagaatcattttagtattatataaattt--atgaactaaagatgcttgtact------tttttttacagGTACGAGGATGAGCCCCCAGAACCTGAGATTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254315321|gb|GR825130.1|GR825130
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|17023174|gb|BM094208.1|BM094208
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|298169366|gb|HO020726.1|HO020726
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGTCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|31457537|gb|CD399565.1|CD399565
EST:     TTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGAAATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: TTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|192303951|gb|FG993837.1|FG993837
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|298187689|gb|HO031646.1|HO031646
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|26045616|gb|CA783150.1|CA783150
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|298165196|gb|HO011245.1|HO011245
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|24135619|gb|BU926129.1|BU926129
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|192316457|gb|FK008190.1|FK008190
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|151407894|gb|EV277709.1|EV277709
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|14258684|gb|BG881592.1|BG881592
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|19934747|gb|BQ079777.1|BQ079777
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|18039503|gb|BM307797.1|BM307797
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|192295900|gb|FG990910.1|FG990910
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|298192149|gb|HO036231.1|HO036231
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|16347285|gb|BI972880.1|BI972880
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|15814904|gb|BI787179.1|BI787179
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|254315322|gb|GR825131.1|GR825131
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|151403366|gb|EV273176.1|EV273176
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|298196458|gb|HO041201.1|HO041201
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGGGAGGTGC
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGGAAGGTGC
EST: gi|7042283|gb|AW472177.1|AW472177
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|298199496|gb|HO042859.1|HO042859
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|298181130|gb|HO022569.1|HO022569
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|298197722|gb|HO045201.1|HO045201
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|298179996|gb|HO025211.1|HO025211
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|298198238|gb|HO039777.1|HO039777
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|19935890|gb|BQ080630.1|BQ080630
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|298168737|gb|HO009667.1|HO009667
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: gi|298183107|gb|HO028370.1|HO028370
EST:     ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG                         GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatctgtatgttttcattgaatggtttctcatggaataaagggtggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
       tatgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atcagtcgtcatgcttcaattgctagggttagagcgttgattctgtaatctgtatgttttcattgaatggtttctcatggaataaagggtggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - tcatgct
- - - - - - - - caattgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - gattctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catggaa