1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...atgaccgtttattcatttttaaaaaattttaattttattttctgatattgagtttttcgttggaattgttcttgatggttttgttttcatttaattgcagACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G35630.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAG ACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATGEST: gi|20812338|gb|BQ296816.1|BQ296816
genomic: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAGgtgaataaaa ... ttaattgcagACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATG
EST: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAG ACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATGEST: gi|13478548|gb|BG507978.1|BG507978
genomic: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAGgtgaataaaa ... ttaattgcagACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATG
EST: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAG ACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATGEST: gi|18734747|gb|BM528363.1|BM528363
genomic: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAGgtgaataaaa ... ttaattgcagACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATG
EST: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAG ACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATGEST: gi|298170252|gb|HO018876.1|HO018876
genomic: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAGgtgaataaaa ... ttaattgcagACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATG
EST: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAG ACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATGEST: gi|254326455|gb|GR841047.1|GR841047
genomic: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAGgtgaataaaa ... ttaattgcagACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATG
EST: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAG ACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATGEST: gi|254331851|gb|GR846161.1|GR846161
genomic: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAGgtgaataaaa ... ttaattgcagACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATG
EST: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAG ACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATG
genomic: CAGCCGCTGCCTTCTCCTACCGCCGTCGACACCTCCGCCGTTTCTCAGAGgtgaataaaa ... ttaattgcagACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATG
tattgagtttttcgttggaattgttcttgatggttttgttttcatttaattgcagACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATG
atttaat putative branch site (score: 4)
ttttgttttcattt CT-rich tract
ttttgttttcatttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgaccgtttattcatttttaaaaaattttaattttattttctgatattgagtttttcgttggaattgttcttgatggttttgttttcatttaattgcagACTCCAGAAGGAATTAATGGCTCTCATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttgatg