1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gtttttacgtttacattggtttttatggccattgtatattcatctatgtttagttggttggcttggtttattgagttgctaattgttgtgtatttttcagATTACTAAACGAGGTGACTCGGTGGATGACAAGATTAAGAAGCTTGATGCCGAGCTTAGTAGATATAAGGAGCAGATTAAGAAAACTAGACCTGGTCCTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G33960.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAAGAAGAACAAGGATCCTCCTCCTTCCATTCAGGATGCTTCCGATAGG ATTACTAAACGAGGTGACTCGGTGGATGACAAGATTAAGAAGCTTGATGCCEST: gi|192308429|gb|FK000925.1|FK000925
genomic: TCAAGAAGAACAAGGATCCTCCTCCTTCCATTCAGGATGCTTCCGATAGGgttcttccct ... tatttttcagATTACTAAACGAGGTGACTCGGTGGATGACAAGATTAAGAAGCTTGATGCC
EST: TCAAGAAGAACAAGGATCCTCCTCCTTCCATTCAGGATGCTTCCGATAGG ATTACTAAACGAGGTGACTCGGTGGATGACAAGATTAAGAAGCTTGATGCCEST: gi|207720353|gb|GD703062.1|GD703062
genomic: TCAAGAAGAACAAGGATCCTCCTCCTTCCATTCAGGATGCTTCCGATAGGgttcttccct ... tatttttcagATTACTAAACGAGGTGACTCGGTGGATGACAAGATTAAGAAGCTTGATGCC
EST: TCAAGAAGAACAAGGATCCTCCTCCTTCCATTCAGGATGCTTCCGATAGG ATTACTAAACGAGGTGACTCGGTGGATGACAAGATTAAGAAGCTTGATGCC
genomic: TCAAGAAGAACAAGGATCCTCCTCCTTCCATTCAGGATGCTTCCGATAGGgttcttccct ... tatttttcagATTACTAAACGAGGTGACTCGGTGGATGACAAGATTAAGAAGCTTGATGCC
atgtttagttggttggcttggtttattgagttgctaattgttgtgtatttttcagATTACTAAACGAGGTGACTCGGTGGATGACAAGATTAAGAAGCTTGATGCCGAGCTTAGTAGATATAAGGAGCAGATTAAGAAAACTAGACCTGGTCCTG
tgctaat putative branch site (score: 2)
tatttttc putative PPT
tgtattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttttacgtttacattggtttttatggccattgtatattcatctatgtttagttggttggcttggtttattgagttgctaattgttgtgtatttttcagATTACTAAACGAGGTGACTCGGTGGATGACAAGATTAAGAAGCTTGATGCCGAGCTTAGTAGATATAAGGAGCAGATTAAGAAAACTAGACCTGGTCCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - -gccattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgtg