1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtcaattaacgaattgctttcgtatttgtactgtatatttgtatcactctgattgatgaattgatttacctagttcgttgtagaattaattttttgaattatagttgtatgcgtgtgtgtttctatgttgctgcagTTGGAACATCTACCATCGATGGTTACTGGTGTTTGGACTGATGATAATAACCTGCAGCTCGAGGCGACGACGCAGTTTCGGAAGCTGCTTTCGATTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G29000.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACCTCAGCAGATGCCTGCGTCCGTTCACTCTAGTTTGGTTGAGAAGAAG TTGGAACATCTACCATCGATGGTTACTGGTGTTTGGACTGATGATAATAACEST: gi|298179340|gb|HO027811.1|HO027811
genomic: AACCTCAGCAGATGCCTGCGTCCGTTCACTCTAGTTTGGTTGAGAAGAAGgtcaattaac ... gttgctgcagTTGGAACATCTACCATCGATGGTTACTGGTGTTTGGACTGATGATAATAAC
EST: AACCTCAGCAGATGCCTGCGTCCGTTCACTCTAGTTTGGTTGAGAAGGAG TTGGAACATCTACCATCGATGGTTACTGGTGTTTGGACTGATGATAATAAC
genomic: AACCTCAGCAGATGCCTGCGTCCGTTCACTCTAGTTTGGTTGAGAAGAAGgtcaattaac ... gttgctgcagTTGGAACATCTACCATCGATGGTTACTGGTGTTTGGACTGATGATAATAAC
agaattaattttttgaattatagttgtatgcgtgtgtgtttctatgttgctgcagTTGGAACATCTACCATCGATGGTTACTGGTGTTTGGACTGATGATAATAACCTGCAGCTCGAGGCGACGACGCAGTTTCGGAAGCTGCTTTCGATTG
aattaat putative branch site (score: 3)
taattttttgaattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcaattaacgaattgctttcgtatttgtactgtatatttgtatcactctgattgatgaattgatttacctagttcgttgtagaattaattttttgaattatagttgtatgcgtgtgtgtttctatgttgctgcagTTGGAACATCTACCATCGATGGTTACTGGTGTTTGGACTGATGATAATAACCTGCAGCTCGAGGCGACGACGCAGTTTCGGAAGCTGCTTTCGATTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT