Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtatatacatacatagtactatatataataatgtttgtttcaacacttcattgatgttgtagtgtgcacaatgaagtacaattcaaaacacaagagagtctttaatttctaaccttaattgtaaacacatgccagGTTTGCAGAGATGTGGGAAGAGCTGCAGGTTGAGGTGGATAAATTATCTAAGGCCTGATTTGAAGAGAGGAGCATTCTCACAGCAAGAAGAGAACATGAT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G28250.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA10G28250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv14s0060g00240.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gtatatacatacatagtact-atatataataatgtttgtttcaacacttcattgatgttgtagtgtgcacaatgaagtacaattcaaaacacaagagagtctttaatttctaaccttaattgtaaacacatgccagGTTTGCAGAGATGTGGGAAGAGCTGCAGGTTGAGGTGGATAAATTATCTAAGGCCTGATTTGAAGAGAGGAGCATTCTCACAGCAAGAAGAGAACATGAT
|||| || ||| | || ||| ||| || || || | | | | ||| | | | | | ||| | | | || | | | || ||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||| || || | ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| | ||||
---------------gtacccatgtatgttcatcttt----tggtgtgtcactgtaaatgcagaacagcaaccgttattgagaccaagtctcctgtgttttttttttcttttttctctttctatcataattggcagGTTTGCAGAGGTGTGGGAAGAGCTGCAGGCTAAGATGGATTAACTACTTGAGGCCTGATTTGAAGAGGGGAGCATTCTCACAACAGGAAGAGAGCCTGAT
upper sequence: GLYMA10G28250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S189_29V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
gtatatacatacatagtactatatataataatgtttgtttcaacacttcattgatgttgtagtgtgcacaatgaagtacaattcaaaacacaagagagtctttaatttctaaccttaat-tgtaaacacatgccagGTTTGCAGAGATGTGGGAAGAGCTGCAGGTTGAGGTGGATAAATTATCTAAGGCCTGATTTGAAGAGAGGAGCATTCTCACAGCAAGAAGAGAACATGAT
| | |||| | || | | || | | | | | | ||||| | || | ||||| | | || || | | || | |||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || ||| |||| | ||||||| ||| ||||| ||||
--------------------------tttcctctttgctctaaaa----aaagaaaagttcagataccccgttgacaccaatttagaata----agagttgt--gtcgctgacgctggtgtgccctggaacaacagGGTTACAGAGATGTGGAAAAAGCTGCAGGTTAAGGTGGATAAACTATCTGAGGCCAGACTTAAAGCGAGGGGTTTTCTCACCAGCAGAGGAGAATCTGAT
upper sequence: GLYMA10G28250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S24_48V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
gtatatacatacatagtactatatataataatgtttgtttcaacacttcatt-gatgttgtagtgtgcacaatgaagtacaattcaaaacacaagagagtc-tttaatttctaaccttaattgtaaacacatgccagGTTTGCAGAGATGTGGGAAGAGCTGCAGGTTGAGGTGGATAAATTATCTAAGGCCTGATTTGAAGAGAGGAGCATTCTCACAGCAAGAAGAGAACATGAT
| | |||| ||| || ||| ||| ||| | | | |||| | | | || | || | || ||| || | | |||| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||| |||| | ||||| | || ||||| ||||
----------------------------------tcgcttcatttgttcggaagaagttaaagt-tgctcctcgcatggcaat--agtgttggattgggtgatctagctcttacacttgtgtgctacggaacaacagGATTACAGCGATGTGGGAAGAGCTGCAGGTTAAGGTGGATAAATTATCTGAGGCCCGACTTAAAGCGAGGTGTCTTCTCTCCAGCGGAGGAGAATCTGAT
upper sequence: GLYMA10G28250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ38262 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 1
gtatatacatacatagtactatatataataatgtttgtttcaacacttcattgatgttgtagtgtgcacaatgaagtacaattcaaaacacaagagagtctttaatttctaaccttaattgtaaacacatgccagGTTTGCAGAGATGTGGGAAGAGCTGCAGGTTGAGGTGGATAAATTATCTAAGGCCTGATTTGAAGAGAGGAGCATTCTCACAGCAAGAAGAGAACATGAT
||| | | || | ||||| || | | ||| |||| | | |||| | |||| | || ||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||| |||| || ||||| || || || || || || ||||| | ||||
-------------------------------------------------------------gtgagtatt-tgtacctcaatttcaagttctcgtgagctcacaattcttggtggca-ttgtca--------cagGCCTCCAAAGATGTGGGAAGAGCTGCAGGCTGAGATGGATCAACTATCTCCGGCCCGACTTGAAAAGGGGCCACTTTTCGCAACAGGAAGAAGAGTTGAT atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.attcaaaacacaagagagtctttaatttctaaccttaattgtaaacacatgccagGTTTGCAGAGATGTGGGAAGAGCTGCAGGTTGAGGTGGATAAATTATCTAAGGCCTGATTTGAAGAGAGGAGCATTCTCACAGCAAGAAGAGAACATGAT
tctttaatttctaa TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtatatacatacatagtactatatataataatgtttgtttcaacacttcattgatgttgtagtgtgcacaatgaagtacaattcaaaacacaagagagtctttaatttctaaccttaattgtaaacacatgccagGTTTGCAGAGATGTGGGAAGAGCTGCAGGTTGAGGTGGATAAATTATCTAAGGCCTGATTTGAAGAGAGGAGCATTCTCACAGCAAGAAGAGAACATGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA