1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tttttaactattagtagagtgtctagtaaaaatagtgtgtctctagcactcctcgcagttgaattgttggtaatgtagttttggtttttgcatttggcagGTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCTCGGTTTGTGTTGTGGAACAGGAAGTTGAGGCCGGTGCCCGGGAAGCTGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G27890.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGAAGGCCCCAACAGCTTCCAGCCTTCTGATCCAATGCTCACCATGGTG GTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCTEST: gi|27808988|gb|CB063410.1|CB063410
genomic: AAGAAGGCCCCAACAGCTTCCAGCCTTCTGATCCAATGCTCACCATGGTGgtatgtgatg ... catttggcagGTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCT
EST: AAGAAGGCCCCAACAGCTTCCAGCCTTCTGATCCAATGCTCACCATGGTG GTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCTEST: gi|209711441|gb|BW665193.1|BW665193
genomic: AAGAAGGCCCCAACAGCTTCCAGCCTTCTGATCCAATGCTCACCATGGTGgtatgtgatg ... catttggcagGTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCT
EST: AAGAAGGCCCCAACAGCTTCCAGCCTTCTGATCCAATGCTCACCATGGTG GTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCTEST: gi|213616966|gb|DB959278.1|DB959278
genomic: AAGAAGGCCCCAACAGCTTCCAGCCTTCTGATCCAATGCTCACCATGGTGgtatgtgatg ... catttggcagGTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCT
EST: AAGAAGGCCCCAACAGCTTCCAGCCTTCTGATCCAATGCTCACCATGGTG GTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCTEST: gi|209697140|gb|BW680550.1|BW680550
genomic: AAGAAGGCCCCAACAGCTTCCAGCCTTCTGATCCAATGCTCACCATGGTGgtatgtgatg ... catttggcagGTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCT
EST: AAGAAGGCCCCAACAGCTTCCAGCCTTCTGATCCAATGCTCACCATGGTG GTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCT
genomic: AAGAAGGCCCCAACAGCTTCCAGCCTTCTGATCCAATGCTCACCATGGTGgtatgtgatg ... catttggcagGTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCT
gcactcctcgcagttgaattgttggtaatgtagttttggtttttgcatttggcagGTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCTCGGTTTGTGTTGTGGAACAGGAAGTTGAGGCCGGTGCCCGGGAAGCTGA
tttttgc CT-rich tract
ttgaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttttaactattagtagagtgtctagtaaaaatagtgtgtctctagcactcctcgcagttgaattgttggtaatgtagttttggtttttgcatttggcagGTGGACAGTGGTTTAAAGGATGAGCTTGTTTTGGGGGATCCTGATGCACCTCGGTTTGTGTTGTGGAACAGGAAGTTGAGGCCGGTGCCCGGGAAGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - gtgtcta
- - - - - - - - - - - - - -aaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - gtgtgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcagttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttggta