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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tggattttgacctagatgctctagcattaatgtgttgatgcaatttttaattctttggtatgctggaactggaatttgatttggctgatgtcgagtgtagGATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G32900.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|24136763|gb|BU927273.1|BU927273
EST:     AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTC                         GATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
genomic: AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTCgtaactcttt ... tcgagtgtagGATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
EST: gi|298192872|gb|HO033306.1|HO033306
EST:     AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTC                         GATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
genomic: AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTCgtaactcttt ... tcgagtgtagGATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
EST: gi|298196622|gb|HO041365.1|HO041365
EST:     AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTC                         GATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
genomic: AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTCgtaactcttt ... tcgagtgtagGATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
EST: gi|298199456|gb|HO042819.1|HO042819
EST:     AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTC                         GATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
genomic: AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTCgtaactcttt ... tcgagtgtagGATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
EST: gi|298173828|gb|HO017164.1|HO017164
EST:     AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTC                         GATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
genomic: AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTCgtaactcttt ... tcgagtgtagGATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
EST: gi|298188665|gb|HO035358.1|HO035358
EST:     AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTC                         GATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
genomic: AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTCgtaactcttt ... tcgagtgtagGATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
EST: gi|193663700|gb|FK612832.1|FK612832
EST:     AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTC                         GATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
genomic: AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTCgtaactcttt ... tcgagtgtagGATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
EST: gi|298185141|gb|HO030354.1|HO030354
EST:     AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTC                         GATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
genomic: AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTCgtaactcttt ... tcgagtgtagGATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
EST: gi|151395592|gb|EV265469.1|EV265469
EST:     AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTC                         GATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG
genomic: AATCTTCTTAATTGGATCCTCTAACGTCGGCAAACGCACTCTCCTATCTCgtaactcttt ... tcgagtgtagGATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaattctttggtatgctggaactggaatttgatttggctgatgtcgagtgtagGATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGG
                           aatttgattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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tggattttgacctagatgctctagcattaatgtgttgatgcaatttttaattctttggtatgctggaactggaatttgatttggctgatgtcgagtgtagGATTGACCTCTGTTGATGTTGAAGGTGCTGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - gatgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggctga