Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actagctttgttgtcttgtctcttggatttgaatggtgttgtgtttttgttactgtgtctttttatgtgttttgatcatggtgttgttttttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G47310.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14258973|gb|BG881881.1|BG881881
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|11273903|gb|BF324292.1|BF324292
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTTTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|6482838|gb|AW202050.1|AW202050
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAAATCG
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAA-TCG
EST: gi|19452479|gb|BM953889.1|BM953889
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|213588033|gb|DB971480.1|DB971480
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|15000646|gb|BI321460.1|BI321460
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|213605710|gb|DB972330.1|DB972330
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|6566573|gb|AW234216.1|AW234216
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|21677769|gb|BQ630120.1|BQ630120
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|213606309|gb|DB961369.1|DB961369
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|14999282|gb|BI320295.1|BI320295
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|213587844|gb|DB959668.1|DB959668
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|209706256|gb|BW668082.1|BW668082
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|16105121|gb|BI892861.1|BI892861
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGTATTTT
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|7691680|gb|AW759803.1|AW759803
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|209720551|gb|BW654430.1|BW654430
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|21994444|gb|BQ785972.1|BQ785972
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGC
EST: gi|7924742|gb|AW830768.1|AW830768
EST:     GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAG                         GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAAT
genomic: GTGACCGCCTTTCTCCTCTGCATGTAGCTGCTGCCAATGGTCGGATCGAGgttgttcttg ... ttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgttactgtgtctttttatgtgttttgatcatggtgttgttttttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG
                        ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                      ttgtttttttt  putative PPT
              tttttatgtgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
actagctttgttgtcttgtctcttggatttgaatggtgttgtgtttttgttactgtgtctttttatgtgttttgatcatggtgttgttttttttgggcagGTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG

- - - - tgttgtc
- - - - - - - - - - - - ggatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - ggtgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttttg