1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gataatacatatggtgtttagagttgaatggattgaaattgtttctaaatggacaatatgagattatgaatgtattcatgttggctttgtgtgtttgtagATAGGAATGAGAAGGCTGCTAGAGCTGCTTTCAATGCCAGTATTGATGGAGGTCTAACCTTTTTTGACACTGCTGAAGTCTATGGCTCTGGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G41630.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCTTGGTCTTGGGGTGATACCACTTACTGGAACAATTTTGAATGGAATG ATAGGAATGAGAAGGCTGCTAGAGCTGCTTTCAATGCCAGTATTGATGGAGEST: gi|209701051|gb|BW652163.1|BW652163
genomic: AGCTTGGTCTTGGGGTGATACCACTTACTGGAACAATTTTGAATGGAATGgtaactttcc ... gtgtttgtagATAGGAATGAGAAGGCTGCTAGAGCTGCTTTCAATGCCAGTATTGATGGAG
EST: AGCTTGGTCTTGGGGTGATACCACTTACTGGAACAATTTTGAATGGAATG ATAGGAATGAGAAGGCTGCTAGAGCTGCTTTCAATGCCAGTATTGATGGAGEST: gi|9259707|gb|BE347854.1|BE347854
genomic: AGCTTGGTCTTGGGGTGATACCACTTACTGGAACAATTTTGAATGGAATGgtaactttcc ... gtgtttgtagATAGGAATGAGAAGGCTGCTAGAGCTGCTTTCAATGCCAGTATTGATGGAG
EST: AGCTTGGTCTTGGGGTGATACCACTTACTGGAACAATTTTGAATGGAATG ATAGGCATGAGCAGACTGCTAGAGCTGCTTTCTATGCCAGTATTGATGGAGEST: gi|120530488|gb|EH258621.1|EH258621
genomic: AGCTTGGTCTTGGGGTGATACCACTTACTGGAACAATTTTGAATGGAATGgtaactttcc ... gtgtttgtagATAGGAATGAGAAGGCTGCTAGAGCTGCTTTCAATGCCAGTATTGATGGAG
EST: AGCTTGGTCTTGGGGTGATACCACTTACTGGAACAATTTTGAATGGAATG ATAGGAATGAGAAGGCTGCTAGAGCTGCTTTCAATGCCAGTATTGATGGAGEST: gi|209706849|gb|BW661485.1|BW661485
genomic: AGCTTGGTCTTGGGGTGATACCACTTACTGGAACAATTTTGAATGGAATGgtaactttcc ... gtgtttgtagATAGGAATGAGAAGGCTGCTAGAGCTGCTTTCAATGCCAGTATTGATGGAG
EST: AGCTTGGTCTTGGGGTGATACCACTTACTGGAACAATTTTGAATGGAATG ATAGGAATGAGAAGGCTGCTAGAGCTGCTTTCAATGCCAGTATTGATGGAG
genomic: AGCTTGGTCTTGGGGTGATACCACTTACTGGAACAATTTTGAATGGAATGgtaactttcc ... gtgtttgtagATAGGAATGAGAAGGCTGCTAGAGCTGCTTTCAATGCCAGTATTGATGGAG
taaatggacaatatgagattatgaatgtattcatgttggctttgtgtgtttgtagATAGGAATGAGAAGGCTGCTAGAGCTGCTTTCAATGCCAGTATTGATGGAGGTCTAACCTTTTTTGACACTGCTGAAGTCTATGGCTCTGGG
ttctaaa putative branch site (score: 2)
attatgaatgtatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gataatacatatggtgtttagagttgaatggattgaaattgtttctaaatggacaatatgagattatgaatgtattcatgttggctttgtgtgtttgtagATAGGAATGAGAAGGCTGCTAGAGCTGCTTTCAATGCCAGTATTGATGGAGGTCTAACCTTTTTTGACACTGCTGAAGTCTATGGCTCTGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - -tatggtg
- - - - - - - - - - - - tgaatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttggc