1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...atatacttgcctaagtatatacatgcaaacagatttccaagttattttgcgtgaatatgttgaattttgatgcttgtatatatcttcgtgatatatgtagATGGGAAAGTGAAGCGGCTAATGATAAATCCAGAGGAAACAGAAGGAACTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G39960.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tttgcgtgaatatgttgaattttgatgcttgtatatatcttcgtgatatatgtagATGGGAAAGTGAAGCGGCTAATGATAAATCCAGAGGAAACAGAAGGAACTG
ttttgat putative branch site (score: 4)
aatatgttgaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atatacttgcctaagtatatacatgcaaacagatttccaagttattttgcgtgaatatgttgaattttgatgcttgtatatatcttcgtgatatatgtagATGGGAAAGTGAAGCGGCTAATGATAAATCCAGAGGAAACAGAAGGAACTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- -tacttgc
- - - - - - - - - - acatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - ttccaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttcgtg