Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctcttttatgtcttgctttctttccttgtgtatctgtctctgtctcaccaccactccaccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G26000.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G26000.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S355_55V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
--------------------------------gtctcttttatgtcttgctttctttccttgtgtatctgtctctgtctcaccaccactccaccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG
                                 |||      |   | |  || |    |  | |     |   |||   ||     ||     ||||||||||||||||||||||||||||  | || ||    |  ||||| | ||| |||
agactgcttcaaataacttctttaattcagcattcttgagagtaagtaggattatgatttgatattgtgctgattgttctactgtggctttggaaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCCCTCTTTGTGATTGCGTATGCAGTATTAGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213591382|gb|DB959896.1|DB959896
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|120533380|gb|EH261513.1|EH261513
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|209699648|gb|BW655727.1|BW655727
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|20449671|gb|BQ253795.1|BQ253795
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTAT
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTAT
EST: gi|120530997|gb|EH259130.1|EH259130
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|209726492|gb|BW658072.1|BW658072
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|298172324|gb|HO019364.1|HO019364
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|120530346|gb|EH258479.1|EH258479
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|120530968|gb|EH259101.1|EH259101
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|209725511|gb|BW677808.1|BW677808
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|120531813|gb|EH259946.1|EH259946
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|213590181|gb|DB963800.1|DB963800
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|51337968|gb|CO981834.1|CO981834
EST:     GACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: GACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|209697357|gb|BW675502.1|BW675502
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|213620215|gb|DB967516.1|DB967516
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGG
EST: gi|10847083|gb|BF069850.1|BF069850
EST:     CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAG                         GTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATT
genomic: CAAGGACCAAGTCAATTCCTTCTTGAACCACCTCTCCGTCTTCATTGAAGgtctctttta ... caccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgctttctttccttgtgtatctgtctctgtctcaccaccactccaccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG
                              gtctcac  putative branch site (score: 3)
                                       ccactcc  putative PPT
     tttcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtctcttttatgtcttgctttctttccttgtgtatctgtctctgtctcaccaccactccaccaaccagGTTATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG