Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cggtgcggatttcgattattagtatttttttttattttttattttgtggctggtcccctagctgatttttattatttatttattttttttgtttttgcagATCTAGTTCACTGTTGCTCATTTTAGTGTGTATCTAATCGAAGACGAGGGGGTTCCGATGTCTTCTCTCAGTAGGGAATTGGTGTTCCTGATCTTGCAGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G22910.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254322661|gb|GR838075.1|GR838075
EST:     GTTTGGTTTGTGATGTGGTAGCTTTGAAG                         ATCTAGTTCACTGTTGCTCATTTTAGTGTGTATCTAATCGAAGACGAGGGG
genomic: GTTTGGTTTGTGATGTGGTAGCTTTGAAGgttagagttt ... gtttttgcagATCTAGTTCACTGTTGCTCATTTTAGTGTGTATCTAATCGAAGACGAGGGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtggctggtcccctagctgatttttattatttatttattttttttgtttttgcagATCTAGTTCACTGTTGCTCATTTTAGTGTGTATCTAATCGAAGACGAGGGGGTTCCGATGTCTTCTCTCAGTAGGGAATTGGTGTTCCTGATCTTGCAGT
              agctgat  putative branch site (score: 4)
                             tttatttatttttttt  putative PPT
             tagctgatttttatta  TA-rich tract