1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaagttcctctaccgtattcctcacttgttgaaatgcttttattcatataccttttttctgtaaatttgatttcttgcaaattaactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGACAGCTTTGATGCAATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G20300.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGAEST: gi|37994639|gb|CF806304.1|CF806304
genomic: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
EST: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGAEST: gi|7286082|gb|AW598569.1|AW598569
genomic: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
EST: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
genomic: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
tttattcatataccttttttctgtaaatttgatttcttgcaaattaactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGACAGCTTTGATGCAATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATAT
aattaac putative branch site (score: 2)
ttttttctgtaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttcctctaccgtattcctcacttgttgaaatgcttttattcatataccttttttctgtaaatttgatttcttgcaaattaactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGACAGCTTTGATGCAATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA