Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattttgctcttgatatttattgagaaatttatatatagatgataaggaataatattgtactagttagtgatcgagttatacatatgggttgcatgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTTTCAATTGGATCAGAAGCCTTAACTTTGCCTGGTCCTAATGATACCGTCG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19170.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5760491|gb|AI965854.1|AI965854
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|10231823|gb|BE800711.1|BE800711
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|26057775|gb|CA800689.1|CA800689
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|151407842|gb|EV277657.1|EV277657
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|9820633|gb|BE556143.1|BE556143
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|12687896|gb|BG154292.1|BG154292
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|21677743|gb|BQ630094.1|BQ630094
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCA
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCA
EST: gi|27424902|gb|CA936422.1|CA936422
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|26058205|gb|CA801119.1|CA801119
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTCCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|26047989|gb|CA784617.1|CA784617
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|192296128|gb|FG989488.1|FG989488
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATG
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATG
EST: gi|20498026|gb|BQ272956.1|BQ272956
EST:     CTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCCTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: CTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|37995638|gb|CF807227.1|CF807227
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|27424783|gb|CA936303.1|CA936303
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|21677655|gb|BQ630006.1|BQ630006
EST:     TCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|9820227|gb|BE555737.1|BE555737
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|9902115|gb|BE611083.1|BE611083
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|7234395|gb|AW569733.1|AW569733
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
EST: gi|26047340|gb|CA784162.1|CA784162
EST:     TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTG                         AGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT
genomic: TCTCTTGTGCTGATATCCTTAGCCTTGCTGCTCGTGATTCTGTAGTTCTGgtaattttgc ... atgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aataatattgtactagttagtgatcgagttatacatatgggttgcatgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTTTCAATTGGATCAGAAGCCTTAACTTTGCCTGGTCCTAATGATACCGTCG
                            ttatacatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaattttgctcttgatatttattgagaaatttatatatagatgataaggaataatattgtactagttagtgatcgagttatacatatgggttgcatgcatgcagAGTGGTGGACTAAGTTGGCAAGTGCCCACAGGACGCAAAGATGGAAGGGTTTCAATTGGATCAGAAGCCTTAACTTTGCCTGGTCCTAATGATACCGTCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC