1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gggctagaaccttaaggttgccttttttttgcttttgtccaccttggtttcgatggatgtcaagtagtggatggcatttgttttaataattcatttgcagGAGATGTTCATGGCCAATACTCAGATCTTTTAAGGCTGTTCGAATATGGGGGATACCCGCCTGAAGCAAATTATTTATTTCTCGGAGATTATGTTGATCG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G02180.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTCAGCCAACCTAATCTTCTCGAACTCGAGGCTCCTATTAAGATTTGTG GAGATGTTCATGGCCAATACTCAGATCTTTTAAGGCTGTTCGAATATGGGGEST: gi|19347191|gb|BM892071.1|BM892071
genomic: TCTCAGCCAACCTAATCTTCTCGAACTCGAGGCTCCTATTAAGATTTGTGgtatatttta ... tcatttgcagGAGATGTTCATGGCCAATACTCAGATCTTTTAAGGCTGTTCGAATATGGGG
EST: TCTCAGCCAACCTAATCTTCTCGAACTCGAGGCTCCTATTAAGATTTGTG GAGATGTTCATGGCCAATACTCAGATCTTTTAAGGCTGTTCGAATATGGGG
genomic: TCTCAGCCAACCTAATCTTCTCGAACTCGAGGCTCCTATTAAGATTTGTGgtatatttta ... tcatttgcagGAGATGTTCATGGCCAATACTCAGATCTTTTAAGGCTGTTCGAATATGGGG
ggtttcgatggatgtcaagtagtggatggcatttgttttaataattcatttgcagGAGATGTTCATGGCCAATACTCAGATCTTTTAAGGCTGTTCGAATATGGGGGATACCCGCCTGAAGCAAATTATTTATTTCTCGGAGATTATGTTGATCG
ttttaat putative branch site (score: 3)
ttcattt putative PPT
atttgttttaataatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gggctagaaccttaaggttgccttttttttgcttttgtccaccttggtttcgatggatgtcaagtagtggatggcatttgttttaataattcatttgcagGAGATGTTCATGGCCAATACTCAGATCTTTTAAGGCTGTTCGAATATGGGGGATACCCGCCTGAAGCAAATTATTTATTTCTCGGAGATTATGTTGATCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - aggttgc
- - - - - - - - - - - - - - - gcttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccacctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtcaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggatgg