Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tgatgatagaactgccctcatttttaatgattaaatttgaaggatacgagtcttgtacatgtaatatttctcatatatctgtgcttaattggctttttagGGCTTCAAAGGTGTGGCAAGAGTTGTCGCTTGAGATGGATTAATTATTTAAGACCCGATATTAGAAGAGGGAGGTTTACACCTGAGGAGGAGAAGTTAAT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G02080.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA08G02080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv02s0025g00320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
----------------tgatgatagaactgccctcatttttaatgattaaatttgaaggatacgagt-----cttgtacatgtaatatttctcatatatctgtgcttaattggcttttt--agGGCTTCAAAGGTGTGGCAAGAGTTGTCGCTTGAGATGGATTAATTATTTAAGACCCGATATTAGAAGAGGGAGGTTTACACCTGAGGAGGAGAAGTTAAT
| | | ||| | || | || | || || | || | || ||| || | | ||| | ||| | || | |||||| ||||| || ||||| || || ||| |||| ||||| || || || ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| | ||
gtctcacctctctctctctctctctctccattctcttacacaaaccacacatcccacacatctgaatataagctgaaaactgaaatggttttttcttttcttttcttttctttctggtcgaagGGCTACAAAGATGCGGCAAAAGCTGCCGCCTGAGGTGGATCAACTACTTGAGACCCGATATCAGAAGAGGGAGGTTCACCCCAGAGGAGGAGAAACTGAT atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.acgagtcttgtacatgtaatatttctcatatatctgtgcttaattggctttttagGGCTTCAAAGGTGTGGCAAGAGTTGTCGCTTGAGATGGATTAATTATTTAAGACCCGATATTAGAAGAGGGAGGTTTACACCTGAGGAGGAGAAGTTAAT
gcttaat putative branch site (score: 4)
cttttt putative PPT
taatatttctcatata TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tgatgatagaactgccctcatttttaatgattaaatttgaaggatacgagtcttgtacatgtaatatttctcatatatctgtgcttaattggctttttagGGCTTCAAAGGTGTGGCAAGAGTTGTCGCTTGAGATGGATTAATTATTTAAGACCCGATATTAGAAGAGGGAGGTTTACACCTGAGGAGGAGAAGTTAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
tgatgat
- - - - - - tgccctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctgtgc