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 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cagtgattgcattagttcatcctaaaatggaattggtggtgttgtagaatgtagattaattgattacacatgactcactatatgtgctttcttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAATGTGCCAAATATGGAATTGTAACCCGCGTTCTGATATTTGAGATAACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G35050.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G35050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G145034_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
cagtgattgcattagttcatcctaaaatggaattggtggtgttgtagaatgtagatta-attgattacacatgactcactatatgtgctttcttgt--------tgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAATGTGCCAAATATGGAATTGTAACCCGCGTTCTGATATTTGAGATAACAG
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---------tgcttactgttagagggattgaattgttcaggaagaaggaaacatatcacatatacaattctgtaaacagttcttatgcacgattgtgaaatatgtgcagGTTGGTCCTGGTGAGGTTGACGATGAGCTGGAAGATGAGGTGGCATCGGAGTGTGCCAAGTATGGGACGGTTTCTCGGGTGCTGATATTTGAGATCACAC

upper sequence: GLYMA07G35050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv10s0003g04720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
cagtgattgcattagtt-catcctaaaatggaattggtggtgttgtagaatgtagattaattgattacacatgactcactatatgtgctttcttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAATGTGCCAAATATGGAATTGTAACCCGCGTTCTGATATTTGAGATAACAG
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-gatgtaaatttttgttgtatccatgatccacattcagggtactagtgtgaaaaaatggagaggtttgtcctttttaattgtattgttcattctcttgaagGTGGGCCCTGGTGAGGTGGATGATGAACTAGAAGACGAGGTTGGGTCAGAGTGTGCAAAATACGGCACAGTGACTCGAGTACTCATATTTGAGATAACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208202053|gb|GD997060.1|GD997060
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208085891|gb|GD880129.1|GD880129
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATTAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193592135|gb|FK545997.1|FK545997
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTG
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTG
EST: gi|193648449|gb|FK596146.1|FK596146
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACNTG                         GTGGGTCCTGGTG
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTG
EST: gi|15814700|gb|BI786975.1|BI786975
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208170271|gb|GD968372.1|GD968372
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193369124|gb|FK334370.1|FK334370
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193707083|gb|FK645353.1|FK645353
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208171865|gb|GD969812.1|GD969812
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193451355|gb|FK421345.1|FK421345
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTG
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTG
EST: gi|193385998|gb|FK351598.1|FK351598
EST:     TACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: TACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|15814688|gb|BI786963.1|BI786963
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCATAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193317206|gb|FK279940.1|FK279940
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193496567|gb|FK459045.1|FK459045
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGA
EST: gi|193583587|gb|FK541069.1|FK541069
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCAGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193693549|gb|FK634209.1|FK634209
EST:     TGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTATGATCAGAA
genomic: TGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208064793|gb|GD865173.1|GD865173
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208167192|gb|GD958698.1|GD958698
EST:     TGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: TGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193699428|gb|FK638497.1|FK638497
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208150077|gb|GD951665.1|GD951665
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGAT
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGAT
EST: gi|207731812|gb|GD707565.1|GD707565
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGA
EST: gi|207717132|gb|GD697626.1|GD697626
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193490416|gb|FK457669.1|FK457669
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCGGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193423841|gb|FK387730.1|FK387730
EST:     TGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: TGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193571215|gb|FK528148.1|FK528148
EST:     TACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTATGATCAGAA
genomic: TACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208135078|gb|GD928811.1|GD928811
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|22933705|gb|BU550844.1|BU550844
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208023374|gb|GD821594.1|GD821594
EST:     TGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: TGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193646629|gb|FK587432.1|FK587432
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGAATAGAGGTAGGATCAG
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGA-T-GAGGTAGGATCAG
EST: gi|208118539|gb|GD918306.1|GD918306
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208315089|gb|GE113081.1|GE113081
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208111641|gb|GD911907.1|GD911907
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208156509|gb|GD956819.1|GD956819
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193705596|gb|FK646206.1|FK646206
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193424133|gb|FK386804.1|FK386804
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193661824|gb|FK605242.1|FK605242
EST:     TACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTATGATCAGAA
genomic: TACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208032782|gb|GD827221.1|GD827221
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193650065|gb|FK597160.1|FK597160
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193728186|gb|FK667658.1|FK667658
EST:     TGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTATGATCAGAA
genomic: TGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|151400149|gb|EV269963.1|EV269963
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193472562|gb|FK434947.1|FK434947
EST:     CCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAACTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: CCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|208133155|gb|GD932096.1|GD932096
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|207707224|gb|GD687674.1|GD687674
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
EST: gi|193483397|gb|FK450120.1|FK450120
EST:     GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATG                         GTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA
genomic: GTGTTAACTTCAATGGTGTGCCTACCAGGGTGCTGCTGCTCAGGAACATGgtaatgtcac ... cttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agaatgtagattaattgattacacatgactcactatatgtgctttcttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAATGTGCCAAATATGGAATTGTAACCCGCGTTCTGATATTTGAGATAACAG
                          gactcac  putative branch site (score: 2)
                                         ctttcttgtt  putative PPT
      tagattaattgatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cagtgattgcattagttcatcctaaaatggaattggtggtgttgtagaatgtagattaattgattacacatgactcactatatgtgctttcttgttgaagGTGGGTCCTGGTGAGGTAGACGACGAGCTTGAAGATGAGGTAGGATCAGAATGTGCCAAATATGGAATTGTAACCCGCGTTCTGATATTTGAGATAACAG

- - - -tgcatta
- - - - - - - - - - - - - - - - -tggtggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgtgc