1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...taatccaaagatgcactaagtcttggaaaaagggtggtgattatgtgaaatgggtttgtgggtttgaccaggaaagttttttaaattttgagtgataaagCTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTTACTGGGATAGGTCCCGTGCATGGGCGACTGTGTATGTTTGTGGCGAATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G33620.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAATCGATCGCCTCCTTGATCCCGGTTCTTCCTTCCTCGAGCTTTCACAG CTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTTEST: gi|213616721|gb|DB969203.1|DB969203
genomic: GAATCGATCGCCTCCTTGATCCCGGTTCTTCCTTCCTCGAGCTTTCACAGgttttcattt ... agtgataaagCTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTT
EST: GAATCGATCGCCTCCTTGATCCCGGTTCTTCCTTCCTCGAGCTTTCACAG CTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTTEST: gi|209712230|gb|BW681436.1|BW681436
genomic: GAATCGATCGCCTCCTTGATCCCGGTTCTTCCTTCCTCGAGCTTTCACAGgttttcattt ... agtgataaagCTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTT
EST: GAATCGATCGCCTCCTTGATCCCGGTTCTTCCTTCCTCGAGCTTTCACAG CTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTTEST: gi|213601470|gb|DB956734.1|DB956734
genomic: GAATCGATCGCCTCCTTGATCCCGGTTCTTCCTTCCTCGAGCTTTCACAGgttttcattt ... agtgataaagCTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTT
EST: GAATCGATCGCCTCCTTGATCCCGGTTCTTCCTTCCTCGAGCTTTCACAG CTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTTEST: gi|209726021|gb|BW672428.1|BW672428
genomic: GAATCGATCGCCTCCTTGATCCCGGTTCTTCCTTCCTCGAGCTTTCACAGgttttcattt ... agtgataaagCTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTT
EST: GAATCGATCGCCTCCTTGATCCCGGTTCTTCCTTCCTCGAGCTTTCACAG CTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTTEST: gi|209717946|gb|BW666139.1|BW666139
genomic: GAATCGATCGCCTCCTTGATCCCGGTTCTTCCTTCCTCGAGCTTTCACAGgttttcattt ... agtgataaagCTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTT
EST: GAATCGATCGCCTCCTTGATCCCGGTTCTTCCTTCCTCGAGCTTTCACAG CTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTT
genomic: GAATCGATCGCCTCCTTGATCCCGGTTCTTCCTTCCTCGAGCTTTCACAGgttttcattt ... agtgataaagCTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTT
tgaaatgggtttgtgggtttgaccaggaaagttttttaaattttgagtgataaagCTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTTACTGGGATAGGTCCCGTGCATGGGCGACTGTGTATGTTTGTGGCGAATG
gtttgac putative branch site (score: 4)
aaagttttttaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taatccaaagatgcactaagtcttggaaaaagggtggtgattatgtgaaatgggtttgtgggtttgaccaggaaagttttttaaattttgagtgataaagCTTGCAGGACATGACTTGTATGAAGAACCCTTGCCTTCTGGTGGGGTTGTTACTGGGATAGGTCCCGTGCATGGGCGACTGTGTATGTTTGTGGCGAATG
- atccaaa
- - - - -gatgcac
- - - - - - - - - - - - - - - -gggtggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggtttg