Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatttatttttacgaagtacattacattatcagatgctgataaaaggctataaatcttttgcaacttacttaatgtgttgtaatgttcttaaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTCCACCTCTTAAGCCAGAACCTGTTGATTATAATTATGGCTTTGGTGCGACAGTTGATATAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G31090.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10842945|gb|BF066303.1|BF066303
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCTTTCTCT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTCCACCTCTTAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCTTTCTCTgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTCCACCTCTTAAG
EST: gi|298199298|gb|HO042661.1|HO042661
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGACGAGGAAGAAGTTAACCCTTTCTCT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAATGCTTCCACCTCTTAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCTTTCTCTgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTCCACCTCTTAAG
EST: gi|23057519|gb|BU578193.1|BU578193
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCTTTCTCT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTCCACCTCTTAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCTTTCTCTgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTCCACCTCTTAAG
EST: gi|17519206|gb|BM188248.1|BM188248
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCTTTCTCT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTCCACCTCTTAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCTTTCTCTgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTCCACCTCTTAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggctataaatcttttgcaacttacttaatgtgttgtaatgttcttaaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTCCACCTCTTAAGCCAGAACCTGTTGATTATAATTATGGCTTTGGTGCGACAGTTGATATAC
                                   taatgttcttaaaat  TA-rich tract