1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...cgtttgattgttatatttatatatatattacatattgtgtatacttatgaattgatttaggttgaatgtgctttaattttgaactgtgcttgttatgaagCATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCACTGGGCGGCGGTTCGTGGTTCAACTCTAGCTGCTGATGTGCTCGTGGAGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G30380.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATGGGCCTCGCTTAACAACTTCCACGACATTGCGCACTATCTCATTCAG CATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCACEST: gi|21994353|gb|BQ785881.1|BQ785881
genomic: AATGGGCCTCGCTTAACAACTTCCACGACATTGCGCACTATCTCATTCAGgtaattcccc ... tgttatgaagCATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCAC
EST: AATGGGCCTCGCTTAACAACTTCCACGACATTGCGCACTATCTCATTCAG CATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCACEST: gi|208174967|gb|GD969502.1|GD969502
genomic: AATGGGCCTCGCTTAACAACTTCCACGACATTGCGCACTATCTCATTCAGgtaattcccc ... tgttatgaagCATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCAC
EST: AATGGGCCTCGCTTAACAACTTCCACGACATTGCGCACTATCTCATTCAG CATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCAATTGCAEST: gi|209703909|gb|BW661599.1|BW661599
genomic: AATGGGCCTCGCTTAACAACTTCCACGACATTGCGCACTATCTCATTCAGgtaattcccc ... tgttatgaagCATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCA-TTGCA
EST: AATGGGCCTCGCTTAACAACTTCCACGACATTGCGCACTATCTCATTCAG CATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCACEST: gi|209709668|gb|BW673961.1|BW673961
genomic: AATGGGCCTCGCTTAACAACTTCCACGACATTGCGCACTATCTCATTCAGgtaattcccc ... tgttatgaagCATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCAC
EST: AATGGGCCTCGCTTAACAACTTCCACGACATTGCGCACTATCTCATTCAG CATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCACEST: gi|209722428|gb|BW668730.1|BW668730
genomic: AATGGGCCTCGCTTAACAACTTCCACGACATTGCGCACTATCTCATTCAGgtaattcccc ... tgttatgaagCATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCAC
EST: AATGGGCCTCGCTTAACAACTTCCACGACATTGCGCACTATCTCATTCAG CATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCAC
genomic: AATGGGCCTCGCTTAACAACTTCCACGACATTGCGCACTATCTCATTCAGgtaattcccc ... tgttatgaagCATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCAC
tatgaattgatttaggttgaatgtgctttaattttgaactgtgcttgttatgaagCATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCACTGGGCGGCGGTTCGTGGTTCAACTCTAGCTGCTGATGTGCTCGTGGAGA
ctttaat putative branch site (score: 4)
tttaattttgaact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cgtttgattgttatatttatatatatattacatattgtgtatacttatgaattgatttaggttgaatgtgctttaattttgaactgtgcttgttatgaagCATGGGGCGGATGTCAATGCTAAAGACAACATGCAACAAACGGCATTGCACTGGGCGGCGGTTCGTGGTTCAACTCTAGCTGCTGATGTGCTCGTGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actgtgc