1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tttttagtgaaattgttaacaatgttgatgatcatgttctgttggaccataacttatataaaaccatttggtttgcctttgctgtgtgttgtctttgaagATGAGTGATGAGAATAATGAAGAACCTTGCGAAAACCGTCCGGTTCCCCGTTTAAATGAAAGGATTCTTTCATCTTTGTCTAGGAGATCAGTTGCTGCTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G05390.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTTGTTGAAAAAAGTGTTTGCTTTTGCCGTTGTACAAG ATGAGTGATGAGAATAATGAAGAACCTTGCGAAAACCGTCCGGTTCCCCGT
genomic: TTTTGTTGAAAAAAGTGTTTGCTTTTGCCGTTGTACAAGgtttgttatt ... gtctttgaagATGAGTGATGAGAATAATGAAGAACCTTGCGAAAACCGTCCGGTTCCCCGT
accataacttatataaaaccatttggtttgcctttgctgtgtgttgtctttgaagATGAGTGATGAGAATAATGAAGAACCTTGCGAAAACCGTCCGGTTCCCCGTTTAAATGAAAGGATTCTTTCATCTTTGTCTAGGAGATCAGTTGCTGCTC
ccataac putative branch site (score: 3)
ttgtcttt putative PPT
ttatataaaaccattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttttagtgaaattgttaacaatgttgatgatcatgttctgttggaccataacttatataaaaccatttggtttgcctttgctgtgtgttgtctttgaagATGAGTGATGAGAATAATGAAGAACCTTGCGAAAACCGTCCGGTTCCCCGTTTAAATGAAAGGATTCTTTCATCTTTGTCTAGGAGATCAGTTGCTGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - -gttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - catgttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtgt