Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caattatagaataggatgaaagggaaccgaaccaaacaaaaggcaaaaaataattatgagcagcgaaaattaatatttgtttgccggaatctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G03840.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G03840.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv09s0002g05150.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
caattatagaataggatgaaagggaaccgaaccaaacaaaaggcaaaaaataattatgag--cagcgaaaattaat--atttgtttgccgga-atctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA
        ||      |    | ||        || |||||   |       |  |  |   |   ||| |  ||   |||  ||||    | || ||||| |||  || || |||||  |||| || | ||| ||  |  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||
-----gatgagcgtatttttcgagatttatgataatcaaaatctatggctccaccacaaaacccttgaagaagaactaattcttttgttaaatatgtgttggcagGTGAAGCATTGAAAGATGCAGATAGTTCAGAGTATATTCCCATATATGAGGACAAAGATGGGGACTGGATGCTTGTAGGAGATGTTCCTTGGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6667380|gb|AW278831.1|AW278831
EST:     GCTCTTTGGTTCCTATGGAATGG                         TGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
genomic: GCTCTTTGGTTCCTATGGAATGGgtgagttccg ... ctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
EST: gi|151401592|gb|EV271406.1|EV271406
EST:     CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGG                         TGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
genomic: CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGGgtgagttccg ... ctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
EST: gi|31311183|gb|CD396386.1|CD396386
EST:     CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGG                         TGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
genomic: CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGGgtgagttccg ... ctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
EST: gi|209720287|gb|BW674629.1|BW674629
EST:     CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGG                         TGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
genomic: CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGGgtgagttccg ... ctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
EST: gi|26058738|gb|CA801652.1|CA801652
EST:     CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGG                         TGGAGGACTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAAG
genomic: CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGGgtgagttccg ... ctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
EST: gi|298187784|gb|HO031741.1|HO031741
EST:     CTCAAATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAGTGG                         TGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
genomic: CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGGgtgagttccg ... ctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
EST: gi|7590511|gb|AW706262.1|AW706262
EST:     CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGG                         TGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
genomic: CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGGgtgagttccg ... ctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
EST: gi|10254851|gb|BE822617.1|BE822617
EST:     GACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGG                         TGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
genomic: GACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGGgtgagttccg ... ctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
EST: gi|24135384|gb|BU925894.1|BU925894
EST:     CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGG                         TGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
genomic: CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGGgtgagttccg ... ctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
EST: gi|213599605|gb|DB968367.1|DB968367
EST:     CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGGATGG                         TGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
genomic: CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGGgtgagttccg ... ctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
EST: gi|192304308|gb|FG993564.1|FG993564
EST:     CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGG                         TGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG
genomic: CTCAGATTTAGCCTTGGCTTTGGACAAGCTCTTTGGTTCCTATGGAATGGgtgagttccg ... ctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaaataattatgagcagcgaaaattaatatttgtttgccggaatctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA
                      aattaat  putative branch site (score: 3)
                    aaaattaatatttgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
caattatagaataggatgaaagggaaccgaaccaaacaaaaggcaaaaaataattatgagcagcgaaaattaatatttgtttgccggaatctgttgacagTGGAGGCCTTGAAGAATGCGGACAATTCTGAACACGTTCCCATTTATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - -ccaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaattaa