Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagttaatttgtcccttctaaaaaaatactataactcattattattcactaacatgttgcatgtacgtaccatttttttatgctatatgctctaactatgaattttgctttaaattaaatttttactatatggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G20830.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9203736|gb|BE329960.1|BE329960
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|9264571|gb|BE352718.1|BE352718
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|9819913|gb|BE555356.1|BE555356
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|23052700|gb|BU577192.1|BU577192
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|9899967|gb|BE608935.1|BE608935
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|9899961|gb|BE608929.1|BE608929
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGGCA-CAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGG-CAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|120532624|gb|EH260757.1|EH260757
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|192294802|gb|FG987491.1|FG987491
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCCATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|11688767|gb|BF596443.1|BF596443
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|21677414|gb|BQ629765.1|BQ629765
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|151405122|gb|EV274936.1|EV274936
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|9259419|gb|BE347566.1|BE347566
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|192303149|gb|FG997725.1|FG997725
EST:     TGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|8403032|gb|BE058666.1|BE058666
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|9203371|gb|BE329657.1|BE329657
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|192303148|gb|FG997724.1|FG997724
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|21887742|gb|BQ740955.1|BQ740955
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|6726886|gb|AW311166.1|AW311166
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|16346227|gb|BI971822.1|BI971822
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCNNNNNNNAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|11412475|gb|BF424486.1|BF424486
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|151403238|gb|EV273048.1|EV273048
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|192299215|gb|FG988673.1|FG988673
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|33388516|gb|CA851723.1|CA851723
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|15815568|gb|BI787843.1|BI787843
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
EST: gi|22522146|gb|BU080957.1|BU080957
EST:     TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAA                         GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
genomic: TATGTGTTCTGCTTCTGGCATTCCTTGGCATTTCCATGATCACAACTCAAgttagttaat ... atggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatgctctaactatgaattttgctttaaattaaatttttactatatggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA
     ctctaac  putative branch site (score: 2)
        taactatgaattttgc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagttaatttgtcccttctaaaaaaatactataactcattattattcactaacatgttgcatgtacgtaccatttttttatgctatatgctctaactatgaattttgctttaaattaaatttttactatatggtttcagGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA