Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|13479206|gb|BG508549.1|BG508549EST: GCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCACCAACACCAACATGCATAT AAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
genomic: GCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCA--A-CACCAACATGCATATgcaagtgctt ... cctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
EST:
gi|120492155|gb|EH220322.1|EH220322EST: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATAT AAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
genomic: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATATgcaagtgctt ... cctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
EST:
gi|120492275|gb|EH220442.1|EH220442EST: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATAT AAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
genomic: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATATgcaagtgctt ... cctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
EST:
gi|120492465|gb|EH220632.1|EH220632EST: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATAT AAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
genomic: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATATgcaagtgctt ... cctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
EST:
gi|23052671|gb|BU577163.1|BU577163EST: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATAT AAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
genomic: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATATgcaagtgctt ... cctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
EST:
gi|120492087|gb|EH220254.1|EH220254EST: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATAT AAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
genomic: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATATgcaagtgctt ... cctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tcttcttgggattttaatttgttgatatagagtaaattatggattcctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAGGATAACGTTTAGAACCAGATCGCAACTTGAGGTTATGGATGATGGATAT
ttccttt CT-rich tract
attttaatttgttgat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gcaagtgcttcttaattatctcgatttattttatttttttcattaaacaagaaaatggtatatcgtgtattctatgctattttatgtgtgcgcaagtacgcataaatgttcattaatcttcttgggattttaatttgttgatatagagtaaattatggattcctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAGGATAACGTTTAGAACCAGATCGCAACTTGAGGTTATGGATGATGGATAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA