Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctatggttgcgtatgtgattgttgaaattgtcaagttgggaacggagttactgtttttagtatttttaaatctaataggttgttgtttctatggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATGGATATGGGAAGGGAGACATAGGACAACTCTTCATTGCTGGTTTTGGGTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G13760.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G13760.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT4G27720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
-ctatggttgcgtatgtgattgttgaaattgtcaagttgggaacggagttactgtttttagtatttttaaatctaataggttgttgtttctatggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATGGATATGGGAAGGGAGACATAGGACAACTCTTCATTGCTGGTTTTGGGTC
 |||   |    |  ||    | | |     | |||||   |||    | ||  |      |   | |  |  |  ||  |   ||||| | ||  |  ||| || |||||| | || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||| ||| || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||
actacattactttgagtacgcgattagtaactaaagtttcaaactttataacattaaaagatccgtctggacttgctaactgactgttt-tgtgattgcagCGGGTGATTGGTTGCAGGGTCCATATGTGTACTATCTTTATAGTACTTATGGATTTGGTAAAGGGGACATTGGACAGCTTTTCATTGCTGGTTTTGGTTC

upper sequence: GLYMA06G13760.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv02s0025g02420.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
ctatggttgcgtatgtgattg--ttgaa-attgtcaagttgggaacggagttactgtttttagtatttttaaatctaataggttgttgtttctatggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATGGATATGGGAAGGGAGACATAGGACAACTCTTCATTGCTGGTTTTGGGTC
  ||  ||  | |  || |||  ||||| ||  |   |  |  | |    ||  || ||  | | |||| |  |   |  | ||  | |   | |||| |||||||| || ||| | || ||||| ||||| |||||||| ||||||  |||||| ||||||||||| ||||| || ||| | || |||||||||||||||||
--atcattaagaac-tggttgagttgaatataattgtggggttagcttctttcttgattccatttttttaaggttgtactgatttatttgattgtggcaatagCTGGGGACTGGTTGCAGGGTCCTTATGTGTACTACCTCTACAGTCAATATGGTTATGGGAAGGGGGACATTGGGCAATTGTTTATTGCTGGTTTTGGGTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193340542|gb|FK308289.1|FK308289
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|208238558|gb|GE039030.1|GE039030
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|209711297|gb|BW683622.1|BW683622
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|15813823|gb|BI786098.1|BI786098
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTTCTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|298175985|gb|HO015390.1|HO015390
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|254342363|gb|GR858525.1|GR858525
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|209715234|gb|BW668562.1|BW668562
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|192322278|gb|FK014519.1|FK014519
EST:     ATTCAATTCCTTCAGGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|213601393|gb|DB968709.1|DB968709
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|18041240|gb|BM309534.1|BM309534
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|209709210|gb|BW657179.1|BW657179
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|208285948|gb|GE087420.1|GE087420
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|19453079|gb|BM954489.1|BM954489
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATTTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|208111288|gb|GD910070.1|GD910070
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|213587653|gb|DB971376.1|DB971376
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|298198016|gb|HO039555.1|HO039555
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|209701782|gb|BW667407.1|BW667407
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
EST: gi|209715146|gb|BW665621.1|BW665621
EST:     ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGG                         CTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG
genomic: ATTCAATTCCTTCAAGAACAACTACCTCATCGTCTATTCCCTCATGATGGgtacagatct ... atggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttactgtttttagtatttttaaatctaataggttgttgtttctatggctatagCTGGAGATTGGCTACAAGGTCCATATGTCTACTACCTTTACAGTACATATGGATATGGGAAGGGAGACATAGGACAACTCTTCATTGCTGGTTTTGGGTC
                        atctaat  putative branch site (score: 3)
                                        tttctat  putative PPT
        tttttagtatttttaa  TA-rich tract