1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttcactaataaatcaacatatatatcatataatggcttcaatgctttaattgttactattggattttttgacatccaaaatgagtttgtttaaaatgaagATGGACAGGGCTTCAATCCTTGGGGATGCAATCGAGTATTTGAAGGAACTTCTGCAAAGGATCAGTGAGCTTCACAATGAATTGGAGTCAACACCAGCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G38530.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAATGATAGACTCTACATGCTGAGATCCGTTGTTCCCAATATTAGCAAA ATGGACAGGGCTTCAATCCTTGGGGATGCAATCGAGTATTTGAAGGAACTTEST: gi|16346649|gb|BI972244.1|BI972244
genomic: TCAATGATAGACTCTACATGCTGAGATCCGTTGTTCCCAATATTAGCAAAgtaagacaga ... taaaatgaagATGGACAGGGCTTCAATCCTTGGGGATGCAATCGAGTATTTGAAGGAACTT
EST: GATAGACTCTACATGCTGAGATCCGTTGTTCCCAATATTAGCAAA ATGGACAGGGCTTCAATCCTTGGGGATGCAATCGAGTATTTGAAGGAACTTEST: gi|192305197|gb|FG997505.1|FG997505
genomic: GATAGACTCTACATGCTGAGATCCGTTGTTCCCAATATTAGCAAAgtaagacaga ... taaaatgaagATGGACAGGGCTTCAATCCTTGGGGATGCAATCGAGTATTTGAAGGAACTT
EST: TCAATGATAGACTCTACATGCTGAGATCCGTTGTTCCCAATATTAGCAAA ATGGACAGGGCTTCAATCCTTGGGGATGCAATCGAGTATTTGAAGGAACTT
genomic: TCAATGATAGACTCTACATGCTGAGATCCGTTGTTCCCAATATTAGCAAAgtaagacaga ... taaaatgaagATGGACAGGGCTTCAATCCTTGGGGATGCAATCGAGTATTTGAAGGAACTT
ttaattgttactattggattttttgacatccaaaatgagtttgtttaaaatgaagATGGACAGGGCTTCAATCCTTGGGGATGCAATCGAGTATTTGAAGGAACTTCTGCAAAGGATCAGTGAGCTTCACAATGAATTGGAGTCAACACCAGCAG
ttttgac putative branch site (score: 3)
tttgttt putative PPT
tttgtttaaaatgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcactaataaatcaacatatatatcatataatggcttcaatgctttaattgttactattggattttttgacatccaaaatgagtttgtttaaaatgaagATGGACAGGGCTTCAATCCTTGGGGATGCAATCGAGTATTTGAAGGAACTTCTGCAAAGGATCAGTGAGCTTCACAATGAATTGGAGTCAACACCAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - -atcaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - caatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctattgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagtttg