Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ttgatgatgatagaactgccctcaatttcaatgattaaatttgaagcgtacaagtcttgtacatgtaatatttctcatctgtgcttaattgggtttttagGGCTTCTAAGGTGTGGCAAGAGTTGTCGCCTGAGATGGATTAATTATTTAAGACCCGATATTAGAAGAGGCAGGTTTACACCTGAGGAGGAGAAGTTAAT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G37460.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA05G37460.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv02s0025g00320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
--------------------------ttgatgatgatagaactgccctcaatttcaatgattaaatttgaagcgtacaagtcttgtacatgtaatatttctcatctgtgcttaattgggtttttagGGCTTCTAAGGTGTGGCAAGAGTTGTCGCCTGAGATGGATTAATTATTTAAGACCCGATATTAGAAGAGGCAGGTTTACACCTGAGGAGGAGAAGTTAAT
| || | || | || || || || | | |||| | || | | | | ||||| ||| | ||| | | | |||||| | ||| || ||||| || || |||||||| ||||| || || || ||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||| | ||
gtctcacctctctctctctctctctctccattctcttacacaaaccacacatcccacacatctgaatataagctgaaaactgaaatggttttttcttttcttttcttttctttct---ggtcgaagGGCTACAAAGATGCGGCAAAAGCTGCCGCCTGAGGTGGATCAACTACTTGAGACCCGATATCAGAAGAGGGAGGTTCACCCCAGAGGAGGAGAAACTGAT atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.gcgtacaagtcttgtacatgtaatatttctcatctgtgcttaattgggtttttagGGCTTCTAAGGTGTGGCAAGAGTTGTCGCCTGAGATGGATTAATTATTTAAGACCCGATATTAGAAGAGGCAGGTTTACACCTGAGGAGGAGAAGTTAAT
gcttaat putative branch site (score: 4)
ttttt putative PPT
tacatgtaatattt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ttgatgatgatagaactgccctcaatttcaatgattaaatttgaagcgtacaagtcttgtacatgtaatatttctcatctgtgcttaattgggtttttagGGCTTCTAAGGTGTGGCAAGAGTTGTCGCCTGAGATGGATTAATTATTTAAGACCCGATATTAGAAGAGGCAGGTTTACACCTGAGGAGGAGAAGTTAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- gatgatg
- - - - - - - - tgccctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgctta