Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtacgttctcatgtcctcctccccttaattacccttaattatttgaatttttttccatcttttaatttattgctttgttgatgatatggtttctttgttgtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGGTGTTATTGCTAACCGAGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G31450.3
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G31450.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT4G39800.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
gttagtacgttctcatgtcctcctccccttaattacccttaattatttgaatttttttccatcttttaatttattgctttgttgatgatatggtttctttgttgtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGGTGTTATTGCTAACCGAGA
                             |||  |||  |   | ||  ||  |||    ||   |  ||||  | | | ||||||||     |||   | ||||| |   ||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| |||  |||
----------------------------gtaaaaaccact--cttttccaaagtttcataattcctcgattt-ctccgtcgttgatgaatcaattttgattttgtcgtaa-agGGTTATGCTTGTGGGTTTGGGAGGAAACAATGGATCAACTCTCACCGCTGGTGTGATTGCGAACAAAGA

upper sequence: GLYMA05G31450.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT2G22240.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
gttagtacgttctcatgtcctcctccccttaattacccttaattatttgaatttttttccatcttttaatttattgctttgttgatgatatggtttctttgttgtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGGTGTTATTGCTAACCGAGA
|| | ||   ||  |     ||    | ||    |   | ||| |   |||||  | |   ||  |      |||    | ||||             || |||  | | |||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || |||| |||||| |||||||||  |||
gtaaataaaatccaaatctttcacttcttttggaattttaaatca--cgaattcatctgggtcggtgttaacattcacattttgaaa----------ctttttgcgtggatagGGTTATGCTTGTTGGTTGGGGAGGAAACAATGGATCAACACTAACCGCTGGTGTCATTGCTAACAAAGA

upper sequence: GLYMA05G31450.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv07s0031g00920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gttagtacgttctcatgtcctcctccccttaattacccttaattatttgaatttttttccatcttttaatttattgctttgttgatgatatggtttctttgttgtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGGTGTTATTGCTAACCGAGA
                    |   |  |||||  ||  |   |  ||  ||||||  |     |||| ||||       ||||   ||  || ||||| | ||   |  ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||| || || ||
-------------------gttggcatcttaacaactgtgtttctttccaattttcct-----ttttgattttcca---tgtttccgaattgatttctgtttt---tgactagGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAACGGCTCATCTCTCACTGGTGGTGTAATTGCCAATCGGGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208118662|gb|GD918345.1|GD918345
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|120533337|gb|EH261470.1|EH261470
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208225157|gb|GE022230.1|GE022230
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208106820|gb|GD902353.1|GD902353
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|19346456|gb|BM891336.1|BM891336
EST:     TTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: TTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|193656395|gb|FK602867.1|FK602867
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGGGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208284607|gb|GE085099.1|GE085099
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208045937|gb|GD848171.1|GD848171
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|10845041|gb|BF068230.1|BF068230
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGT
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGT
EST: gi|208159306|gb|GD954257.1|GD954257
EST:     CATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: CATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|193730678|gb|FK663944.1|FK663944
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGGGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|15285158|gb|BI469049.1|BI469049
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|213588844|gb|DB967938.1|DB967938
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|17021895|gb|BM092929.1|BM092929
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|20814880|gb|BQ299358.1|BQ299358
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|207767523|gb|GD739263.1|GD739263
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|193542029|gb|FK494503.1|FK494503
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTC
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTC
EST: gi|208306153|gb|GE104946.1|GE104946
EST:     AAAACTGTCAAATATAAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|207844116|gb|GD815211.1|GD815211
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGT-GGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTG
EST: gi|120533531|gb|EH261664.1|EH261664
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|120529472|gb|EH257606.1|EH257606
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|15338188|gb|BI498852.1|BI498852
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208161439|gb|GD963893.1|GD963893
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|20813560|gb|BQ298038.1|BQ298038
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|9258309|gb|BE346456.1|BE346456
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAANCNTCACCGGGGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|120495837|gb|EH224004.1|EH224004
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|9258023|gb|BE346146.1|BE346146
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|9259942|gb|BE348089.1|BE348089
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGT
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGT
EST: gi|208130084|gb|GD927689.1|GD927689
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208192854|gb|GD989247.1|GD989247
EST:     TGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: TGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|207838980|gb|GD813442.1|GD813442
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|10237426|gb|BE806314.1|BE806314
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208084212|gb|GD880466.1|GD880466
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccatcttttaatttattgctttgttgatgatatggtttctttgttgtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGGTGTTATTGCTAACCGAGA
                                   tttctttgttgtctt  CT-rich tract
     ttttaatttattgctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagtacgttctcatgtcctcctccccttaattacccttaattatttgaatttttttccatcttttaatttattgctttgttgatgatatggtttctttgttgtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGGTGTTATTGCTAACCGAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA