1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...aattttgtgaggaatttggtagaaatatgtgcttatgggtgtttgtttccaagccagattttctcaaatgaatcaataatcataatttgtttattatcagGTGCAACTGGTGCGAATTCAAATGAGGGTACCTGAATATGGGTGGACGACGCAGAAGGTTTTCCACTTGATGAATTTTGTTGTCAATGGAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G24420.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTACTATGCCCTTTGTGCCGCTTATACGTTGGTCTCCTTCGTTGCCCTG GTGCAACTGGTGCGAATTCAAATGAGGGTACCTGAATATGGGTGGACGACGEST: gi|298165012|gb|HO011061.1|HO011061
genomic: CTTACTATGCCCTTTGTGCCGCTTATACGTTGGTCTCCTTCGTTGCCCTGgttggtgttt ... ttattatcagGTGCAACTGGTGCGAATTCAAATGAGGGTACCTGAATATGGGTGGACGACG
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tttccaagccagattttctcaaatgaatcaataatcataatttgtttattatcagGTGCAACTGGTGCGAATTCAAATGAGGGTACCTGAATATGGGTGGACGACGCAGAAGGTTTTCCACTTGATGAATTTTGTTGTCAATGGAT
tttgttt CT-rich tract
tcaaatgaatcaataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aattttgtgaggaatttggtagaaatatgtgcttatgggtgtttgtttccaagccagattttctcaaatgaatcaataatcataatttgtttattatcagGTGCAACTGGTGCGAATTCAAATGAGGGTACCTGAATATGGGTGGACGACGCAGAAGGTTTTCCACTTGATGAATTTTGTTGTCAATGGAT
- ttttgtg
- - - - - - - - - - - - -tatgtgc
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