Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegttaacttgaaaagttttgaaatatatagcttaaaagttgaaacatcaaagcaagtgctatatatatagctgcaatttttaacctgcttttgcatgatgctttggcagGTTTAAATAGATGTGGGAAGAGTTGCAGGCTGAGATGGTTGAATTATCTGAGACCCAATATCAAGAGGGGAAATATATCAGATGAAGAAGAGGATTTGAT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G04900.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA05G04900.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv09s0002g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gttaacttgaaaagttttgaaatatatagcttaaaagttgaaacatcaaagcaagtgctatatatatagctgcaatttttaacctgcttttgcatgatgctttggcagGTTTAAATAGATGTGGGAAGAGTTGCAGGCTGAGATGGTTGAATTATCTGAGACCCAATATCAAGAGGGGAAATATATCAGATGAAGAAGAGGATTTGAT
|||| ||| || || |||||| | ||| | ||||| || | || | | | | | | | ||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||| | |||||||| |||||
-----------gtctttttgtttatgatgccactgagatgaaac-caatctcaattatgctatatccagtcttgaccttgatggggttctggttt--tttttttgcagGTTTGAATCGGTGTGGGAAGAGTTGCAGGCTTCGATGGATGAATTATCTAAGACCCAACATCAAGAGAGGCAACATATCAGACCAGGAAGAGGACTTGAT atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.agtgctatatatatagctgcaatttttaacctgcttttgcatgatgctttggcagGTTTAAATAGATGTGGGAAGAGTTGCAGGCTGAGATGGTTGAATTATCTGAGACCCAATATCAAGAGGGGAAATATATCAGATGAAGAAGAGGATTTGAT
ttttaac putative branch site (score: 2)
tatatatata TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gttaacttgaaaagttttgaaatatatagcttaaaagttgaaacatcaaagcaagtgctatatatatagctgcaatttttaacctgcttttgcatgatgctttggcagGTTTAAATAGATGTGGGAAGAGTTGCAGGCTGAGATGGTTGAATTATCTGAGACCCAATATCAAGAGGGGAAATATATCAGATGAAGAAGAGGATTTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT