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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttcgcagtttgaagcattctattaatgggtcttgattgaagatccgttttttattattgctgctattgtaatccatggtattgttatgcatattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAGCTCTGCCTCTGGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G37120.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298177656|gb|HO023675.1|HO023675
EST:     CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|192309529|gb|FK000191.1|FK000191
EST:     CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|151401263|gb|EV271077.1|EV271077
EST:     CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|9258998|gb|BE347145.1|BE347145
EST:     CTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|17963409|gb|BM270158.1|BM270158
EST:     CTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|18692713|gb|BM521561.1|BM521561
EST:     CTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|213620429|gb|DB957326.1|DB957326
EST:     CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|151396767|gb|EV266640.1|EV266640
EST:     CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACG-CTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|19347879|gb|BM892503.1|BM892503
EST:     CTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|31561132|gb|CD486970.1|CD486970
EST:     CTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTA
genomic: CTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAA-GCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTA
EST: gi|298187616|gb|HO034765.1|HO034765
EST:     CTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|7795303|gb|AW780700.1|AW780700
EST:     GTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: GTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|192329978|gb|FK021564.1|FK021564
EST:     CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|15813356|gb|BI785631.1|BI785631
EST:     CGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|4396798|gb|AI495795.1|AI495795
EST:     GTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: GTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|192300142|gb|FG989264.1|FG989264
EST:     GTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: GTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|298169520|gb|HO020880.1|HO020880
EST:     GTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: GTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|192295190|gb|FG986909.1|FG986909
EST:     CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|298185314|gb|HO030527.1|HO030527
EST:     CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|15287608|gb|BI471499.1|BI471499
EST:     GTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: GTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|7685411|gb|AW756059.1|AW756059
EST:     GTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: GTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|254318262|gb|GR832430.1|GR832430
EST:     CGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|298165799|gb|HO008770.1|HO008770
EST:     CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCGTGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|9564337|gb|BE473846.1|BE473846
EST:     GTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: GTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|151409150|gb|EV278958.1|EV278958
EST:     CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCG-TTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|18038851|gb|BM307145.1|BM307145
EST:     CTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|11690340|gb|BF598016.1|BF598016
EST:     GTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTGTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: GTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|298186801|gb|HO037434.1|HO037434
EST:     CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
EST: gi|151402916|gb|EV272729.1|EV272729
EST:     CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAG                         AAGAATTAACACGTGTATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG
genomic: CCGTCTCTCGTTAGTCGTTTGTAACGCCTTTGTTTGCGTTTTTTGCACAGgtaagcaagc ... tattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttttttattattgctgctattgtaatccatggtattgttatgcatattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAGCTCTGCCTCTGGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGC
     ttattatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttcgcagtttgaagcattctattaatgggtcttgattgaagatccgttttttattattgctgctattgtaatccatggtattgttatgcatattttgcagAAGAATTAACACGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAGCTCTGCCTCTGGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGC

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - -gcattct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttatgc