1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...gcatggaagttcattaggattttggtaatagattgtgggtaatatatacattctctgttgagtggctacctttacagtgaaatgtactttgatatttcagTGCTGCTGATTGGAGATATGCTGCAGAGCAGTTTGTGAAGAAGCTTCCAGATAAAGTGATTGTACACC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G20400.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACCCGGCTCCTCACCACCTTGTTATTATGGTTAACGGAATCATTGGGAG TGCTGCTGATTGGAGATATGCTGCAGAGCAGTTTGTGAAGAAGCTTCCAGAEST: gi|298165941|gb|HO008912.1|HO008912
genomic: AACCCGGCTCCTCACCACCTTGTTATTATGGTTAACGGAATCATTGGGAGgtaacgtttt ... gatatttcagTGCTGCTGATTGGAGATATGCTGCAGAGCAGTTTGTGAAGAAGCTTCCAGA
EST: AACCCGGCTCCTCACCACCTTGTTATTATGGTTAACGGAATCATTGGGAG TGCTGCTGATTGGAGATATGCTGCAGAGCAGTTTGTGAAGAAGCTTCCAGAEST: gi|298197953|gb|HO039492.1|HO039492
genomic: AACCCGGCTCCTCACCACCTTGTTATTATGGTTAACGGAATCATTGGGAGgtaacgtttt ... gatatttcagTGCTGCTGATTGGAGATATGCTGCAGAGCAGTTTGTGAAGAAGCTTCCAGA
EST: AACCCGGCTCCTCACCACCTTGTTATTATGGTTAACGGAATCATTGGGAG TGCTGCTGATTGGAGATATGCTGCAGAGCAGTTTGTGAAGAAGCTTCCAGA
genomic: AACCCGGCTCCTCACCACCTTGTTATTATGGTTAACGGAATCATTGGGAGgtaacgtttt ... gatatttcagTGCTGCTGATTGGAGATATGCTGCAGAGCAGTTTGTGAAGAAGCTTCCAGA
atacattctctgttgagtggctacctttacagtgaaatgtactttgatatttcagTGCTGCTGATTGGAGATATGCTGCAGAGCAGTTTGTGAAGAAGCTTCCAGATAAAGTGATTGTACACC
ctttgat putative branch site (score: 5)
tttgatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcatggaagttcattaggattttggtaatagattgtgggtaatatatacattctctgttgagtggctacctttacagtgaaatgtactttgatatttcagTGCTGCTGATTGGAGATATGCTGCAGAGCAGTTTGTGAAGAAGCTTCCAGATAAAGTGATTGTACACC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
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