1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttcccgttgatcatcctctgtagtttctgctatacatttttaattctatgagctcttgatgattcaaccttgctcttaccttattcacctaacgaaacagAATAGCAGGGGATTTTTGTTATAAAAGCGATGTGCAGCTGATTCCATTGTGAAGAAGAGAGCAGAAAGAAATCAGCTTATAATAATGTATCCCAACCAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G03150.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATCTCTTACTTTCAG AATAGCAGGGGATTTTTGTTATAAAAGCGATGTGCAGCTGATTCCATTGTG
genomic: TATCTCTTACTTTCAGgtattctttt ... aacgaaacagAATAGCAGGGGATTTTTGTTATAAAAGCGATGTGCAGCTGATTCCATTGTG
ctatgagctcttgatgattcaaccttgctcttaccttattcacctaacgaaacagAATAGCAGGGGATTTTTGTTATAAAAGCGATGTGCAGCTGATTCCATTGTGAAGAAGAGAGCAGAAAGAAATCAGCTTATAATAATGTATCCCAACCAAG
acctaac putative branch site (score: 2)
ttattca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcccgttgatcatcctctgtagtttctgctatacatttttaattctatgagctcttgatgattcaaccttgctcttaccttattcacctaacgaaacagAATAGCAGGGGATTTTTGTTATAAAAGCGATGTGCAGCTGATTCCATTGTGAAGAAGAGAGCAGAAAGAAATCAGCTTATAATAATGTATCCCAACCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - -catcctc
- - - - - - - - - - - - ttctgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttgatg