1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...aagaacttgtttgtgttgcttaaggacctgatttatgtttacttttctattaattttgatttaaccacttgttaatagttatcaaccaattttatcacagAATGGCATCCAACAGGGGTCAAGGTGGAATTCAACAGTTGCTGGCTGCTGAACAAGAAGCGCAAAGAATTGTCAATGCTGCAAAAAATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G33790.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGACACTGTGTCTTGTTTTCTCTGAATCTAACACAGACTCGATTGCTACG AATGGCATCCAACAGGGGTCAAGGTGGAATTCAACAGTTGCTGGCTGCTGAEST: gi|208128775|gb|GD931435.1|GD931435
genomic: AGACACTGTGTCTTGTTTTCTCTGAATCTAACACAGACCCGATTGCTACGgtaccttcca ... tttatcacagAATGGCATCCAACAGGGGTCAAGGTGGAATTCAACAGTTGCTGGCTGCTGA
EST: AGACACTGTGTCTTGTTTTCTCTGAATCTAACACAGACCCGATTGCTACG AATGGCATCCAACAGGGGTCAAGGTGGAATTCAACAGTTGCTGGCTGCTGAEST: gi|208333810|gb|GE127807.1|GE127807
genomic: AGACACTGTGTCTTGTTTTCTCTGAATCTAACACAGACCCGATTGCTACGgtaccttcca ... tttatcacagAATGGCATCCAACAGGGGTCAAGGTGGAATTCAACAGTTGCTGGCTGCTGA
EST: AGACACTGTGTCTTGTTTTCTCTGAATCTAACACAGACCCGATTGCTACG AATGGCATCCAACAGGGGTCAAGGTGGAATTCAACAGTTGCTGGCTGCTGAEST: gi|193381347|gb|FK345622.1|FK345622
genomic: AGACACTGTGTCTTGTTTTCTCTGAATCTAACACAGACCCGATTGCTACGgtaccttcca ... tttatcacagAATGGCATCCAACAGGGGTCAAGGTGGAATTCAACAGTTGCTGGCTGCTGA
EST: AGACACTGTGTCTTGTTTTCTCTGAATCTAACACAGACCCGGTTGCTACG AATGGCATCCAACAGGGGTCAAGGTGGAATTCAACAGTTGCTGGCTGCTGA
genomic: AGACACTGTGTCTTGTTTTCTCTGAATCTAACACAGACCCGATTGCTACGgtaccttcca ... tttatcacagAATGGCATCCAACAGGGGTCAAGGTGGAATTCAACAGTTGCTGGCTGCTGA
tctattaattttgatttaaccacttgttaatagttatcaaccaattttatcacagAATGGCATCCAACAGGGGTCAAGGTGGAATTCAACAGTTGCTGGCTGCTGAACAAGAAGCGCAAAGAATTGTCAATGCTGCAAAAAATG
ttttatc CT-rich tract
taattttgatttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagaacttgtttgtgttgcttaaggacctgatttatgtttacttttctattaattttgatttaaccacttgttaatagttatcaaccaattttatcacagAATGGCATCCAACAGGGGTCAAGGTGGAATTCAACAGTTGCTGGCTGCTGAACAAGAAGCGCAAAGAATTGTCAATGCTGCAAAAAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - ttgtttg
- - - - - - -tgttgct
- - - - - - - - - - - - - cctgatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaccaa