1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...aaatttgaattggttgttattgcttctgtaaatataagcttctttgaaacttgcaaatactaatatgtttataattttgttttgttttgttttttggtagTTAACAGTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTGCGGAAATGAAGGAAAAGAAGAATACTGCCTCTACTCTCAAGCGCATTTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G30320.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGATCTACGATTAATTCTGTGTTGAATGCACATGGCCAATCCCTGAGATG TTAACAGTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTGEST: gi|213605039|gb|DB956372.1|DB956372
genomic: TGATCTACGATTAATTCTGTGTTGAATGCACATGGCCAATCCCTGAGATGgtaaacaatt ... tttttggtagTTAACAGTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTG
EST: TGATCTACGATTAATTCTGTGTTGAATGCACATGGCCAATCCCTGAGATG TTAACAGTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTGEST: gi|208283571|gb|GE087255.1|GE087255
genomic: TGATCTACGATTAATTCTGTGTTGAATGCACATGGCCAATCCCTGAGATGgtaaacaatt ... tttttggtagTTAACAGTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTG
EST: TGATCTACGATTAATTCTGTGTTGAATGCACATGGCCAATCCCTGAGATG TTAACAGTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTGEST: gi|209699814|gb|BW661124.1|BW661124
genomic: TGATCTACGATTAATTCTGTGTTGAATGCACATGGCCAATCCCTGAGATGgtaaacaatt ... tttttggtagTTAACAGTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTG
EST: TGATCTACGATTAATTCTGTGTTGAATGCACATGGCCAATCCCTGAGATG TTAACAGTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTGEST: gi|14126404|gb|BG790842.1|BG790842
genomic: TGATCTACGATTAATTCTGTGTTGAATGCACATGGCCAATCCCTGAGATGgtaaacaatt ... tttttggtagTTAACAGTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTG
EST: GGCCAATCCCTGAGATG GTAACATTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTG
genomic: GGCCAATCCCTGAGATGgtaaacaatt ... tttttggtagTTAACAGTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTG
gaaacttgcaaatactaatatgtttataattttgttttgttttgttttttggtagTTAACAGTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTGCGGAAATGAAGGAAAAGAAGAATACTGCCTCTACTCTCAAGCGCATTTT
tactaat putative branch site (score: 1)
ttttgttttgttttgt putative PPT
aaatactaatatgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaatttgaattggttgttattgcttctgtaaatataagcttctttgaaacttgcaaatactaatatgtttataattttgttttgttttgttttttggtagTTAACAGTTGATTGTCGTTTAATTGTGGCTTGTGTATATTTTGCACTGTTGCGGAAATGAAGGAAAAGAAGAATACTGCCTCTACTCTCAAGCGCATTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - -ggttgtt
- - - - - - - - - - tgcttct
- - - - - - - - - - - - - - -aaatataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgcaa